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PFGE #
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PFGE란? #

PFGE란 Pulsed-Field Gel Electrophoresis(펄스필드 젤 전기영동)의 약칭으로 식중독이나 감염증을 일으키는 병원체 간의 감염원 규명에 활용하는 표준 방법으로 병원체의 동정을 위한 DNA fingerprint 기술이다.

PFGE의 원리 #

PFGE uses molecular scissors, called restriction enzymes, to cut bacterial DNA at certain locations known as restriction sites. These molecular scissors are selected to generate a small number of DNA pieces that can be separated based on size. Usually these DNA pieces, or restriction fragments, are large and need to be specially treated and separated to generate a DNA fingerprint. First the bacteria are loaded into an agarose suspension, similar to gelatin, then the bacterial cell is opened to release the DNA. Once the DNA is released then the agarose and DNA suspension, also known as a plug, is treated with restriction enzymes. The treated plugs are then loaded onto an agarose gel and the restriction fragments are separated based on size using an electric field. What makes PFGE different from how scientists usually separate DNA is because PFGE can separate several large restriction fragments. To do this an electric field that constantly changes direction to the gel is used to generate a DNA fingerprint.

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PFGE 의의 #

  • PFGE subtyping은 많은 병원성 세균의 subtyping에 적용되면 역학적으로 유래가 같을 가능성이 높다.
  • 해석한 세균끼리 똑같은 영동패턴을 나타낸 경우는 그들 유전자에 차이에 없고 역학적으로 유래가 같을 가능성이 높다.

PFGE 한계점 #

  • 실험소요 시간이 2-3일이 걸린다.
  • 실험결과 가 실험자에 따라 다르게 나올 수 있기 때문에 고도로 숙련된 테크니션이 필요함
  • 동시에 겔의 모든 밴드가 분리되지 않는다.
  • 동일 밴드가 동인한 DNA 조각인지 알 수 없다.
  • 밴드들이 명확히 구분되지 않는다.
  • 제한효소로 인식되는 특정 염기서열에 대한 차이를 나타낸 것으로 유전자 전체의 염기배열을 비교하는 것은 아니다.
  • 어떤 strains PFGE로 타이핑 할 수 없다.

출처 #

http://www.cdc.gov/pulsenet/pathogens/pfge.html

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