PDB #

Protein Data Bank 최초의 생물정보학 데이터베이스중의 하나이며, 단백질 서열과 구조에 대한 실험적 자료를 관리하는 1차 데이터베이스이다. 이 데이터를 바탕으로 많은 파생 데이터베이스들이 출현하였는데, 그중의 하나가 PDEe이다.

MSD와 PDBe #

MSD(Macromolecular Structure Database)는 MSD 그룹에 의하여 진행된 프로젝트로 과학자에 구조 실험데이터를 기탁받아 데이터를 가공 및 오라클 DB에 등록후 해당 연구자에게 정보를 제공한다. 특히 살아있는 유기체의 대사와 이와 관련된 거대분자 구조의 데이터를 주로 다루며, 이들과 결합하는 단백질, 핵산 분자의 원자 좌표 등이 대표적이다. wwPDB에 구성원으로 참여하여 3D 구조데이터를 가공하는데 활용되었으며, 최근에는 PDBe라는 데이터베이스로 이름이 변경되었다.

<그림1. PDBe 홈페이지>

PDBe 등록 절차 #

Deposition (기탁) #

기탁은 실험 데이터(결정데이터 -X-ray, 핵자기공명 - NMR 데이터, 전자현미경-EM)를 과학자들에 의하여 특정 사이트에 제출하는 과정이다.

Curation (분류 및 선별) #

기탁을 거쳐 수집한 데이터를 분류 및 선별하는 과정을 거친다. 이는 수작업으로 직접 확인하는 과정이며, 수집한 데이터가 PDB 세부 항목에 적합지를 확인한다.

PDBe 목표 #

고품질의 고분자 구조와 관련된 데이터통합 리소스를 제공하기위하여, 직관적인 사용자 인터페이스를 활용하며, 구조 데이터 표현, 수확, 형식,규격, 검증을 제공한다. wwPDB 및 EMDataBank 같은 기탁 사이트에 구조적 데이터 기탁 및 주석 정보를 제공한다.

출처 #

출처 http://www.ebi.ac.uk/pdbe/