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Transmembrane Protein(TMP) #
막관통 단백질(TMP, Transmembrane protein)은 세포막이나 세포소기관의 지질막을 관통해서 존재하는 막 단백질이다. 유전체의 상당부분을 차지하고 있다. 지질막을 관통하는 부분은 대부분 알파 나선의 구조를 가지며 베타 면의 구조를 갖는 것도 일부 존재한다. 베타면의 구조를 갖는 경우, 베타 배럴(Beta barrel)의 구조를 갖게 된다. 지질막을 관통하는 알파 나선은 22개 정도의 아미노산으로 이루어져 있는데 대부분 소수성 아미노산으로 구성돼 있다. 컴퓨터 알고리즘으로 비교적 정확하게 막관통 부분을 예측할 수 있다. 막관통 나선은 하나일 수도 있고 여러 개일 수도 있다. 막관통 단백질은 계면활성제, 비극성 용매 등을 사용하여야 막으로부터 분리해 낼 수 있다.
PDB TM #
단백질 구조데이터베이스(PDB)의 모든 entry를 활용하여 알려진 구조 내 TMP정보를 제공하는 데이터베이스이다. PDB TM은 3D 좌표 정보 중 막의 고유 환경(water accessible area 등)같은 고유의 3D 좌표 정보를 활용하여 TMP 정보를 생성한다. TMP 종류는 크게 Alpha, Beta 두가지 형태로 제공하며, 구조 내 위치 정보도 제공한다.(그림1)
그림1. PDB TM 홈페이지
TMDET 웹 tool #
PDBTM에서는 PDB에 등록한 데이터이외의 PTM 정보를 예측하는 웹 tool을 제공하고 있다. 만약에 데이터 형식만 있다면, 직접 TMP을 살펴 볼 수 있다. TMDET tools은 웹 기반의 transmembrane region을 예측 할 수 있으며, PDBTM 사이트에서 제공된다.
그림2. TMDET 웹 tool
데이터 현황 #
매년 데이터는 증가하고 있으며, 현재(2020년 8월) 167,086개의 PDB 구조 정보 중 5,251개의 TMP(alpha - 4,755 / beta - 462)를 제공하고 있다.
그림3. 데이터 현황
출처 #
https://ko.wikipedia.org/wiki/%EB%A7%89%EA%B4%80%ED%86%B5_%EB%8B%A8%EB%B0%B1%EC%A7%88
http://pdbtm.enzim.hu/
