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PDB #
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Database

PDB #

Protein Data Bank의 약자인 PDB는 단백질 구조에서 가장 크고 유명한 데이터베이스다. 단백질이 기능을 하는 폴딩 단계의 3차원 구조정보를 등록 및 제공하는 Primary database이다. 단백질 구조정보는 주로 X-ray 산란 실험, 핵자기 공명(Nuclear Magnetic Resonance)을 이용한 실험정보를 통하여 얻을 수 있으며, 현재 105465(2014/12/31)개의 구조정보가 수록되어 있으며, 종특이적으로는 Human 데이터의 수가 많이 등록되어 있다. (그림2)

PDB 홈페이지

그림1. PDB 홈페이지 (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)

PDB 데이터와 아카이브

그림2. PDB 데이터와 아카이브

PDB 역사 #

PDB는 1971년 Walter Hamilton에 의하여 Brookhaven National Laboratory에서 설립되었다. 최초에는 7개의 구조정보를 포함하고 있었으며, Hamilton 사후, Tom Koetzle, Joel Sussman 등을 거치면서 발전하였다. 특히 1998 구조 생물 정보학에 관한 연구 Collaboratory (RCSB)는 PDB의 관리를 담당하게 되었으며, 2003년에 wwPDB 라는 거대 분자 구조 데이터의 단일 PDB 아카이브(기록과 저장)를 형성하여 국제사회에 무료로 공개되고 유지되고 있다. 현재 PDB는 구조데이터에 대한 전반적인 사항을 담당하고 있다. (그림2)

PDB Histroy

그림3. PDB Histroy

(추가시작)

파일 형식 #

PDB가 처음 사용한 파일 형식을 PDB 파일 형식으로 텍스트로 되어 있다. 아래의 이미지는 PDB 파일 형식을 보여주고 있다. 첫 번째 칼럼은 원자임을 나타내주는 ATOM이 적혀있고, 두 번째 칼럼은 원자번호를, 세 번째 칼럼은 원자이름, 네 번째 칼럼은 아미노산이름, 다섯 번째 컬럼은 아미노산 번호를, 그리고 원자에 대한 X, Y, Z 좌표를 나타낸다.
Image
[출처 : http://www.icellsci.com/bbs/board.php?bo_table=BioNews&wr_id=632]

(추가끝)

PDB 분석 서비스 #

PDB는 데이터의 다운 및 검색을 지원한다. 사용하는 데이터 포맷은 pdb 파일로 서열/2차 구조/3차 구조 내 위치정보 등을 제공하여 뷰어로 3차원 구조 모양을 쉽게 볼 수 있다. 현재에는 일종의 포탈 형태로 변화하고 있다. 특히 시각화기능과 더불어 간단한 분석서비스를 지원하며, 구조정보의 연구 문턱을 낮추고 있다. 시각화기능은 3D 구조를 웹상에서 입체적으로 확인할 수 있으며, 주로 jmol을 사용한다. 분석서비스는 기본적은 서열 Alignment(정렬) 기능을 제공한다. pairwise 정렬(blast2seq, Needleman-Wunsch, and Smith-Waterman) 뿐만 아니라 구조 정렬(FATCAT, CE, Mammoth, TM-Align, TopMatch) 등의 기능을 제공한다. 구조 특징 중 중요한 대칭(symmetry)을 확인하기 위한 프로그램(highlights global, local, and helical symmetry)제공한다.

PDB 분석 서비스

그림4. PDB 분석서비스

(추가 시작)

PDB 파일 제공 사이트 #

(추가 끝)

출처 #

Incoming Links #

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