Open TG-GATEs #

TG-GATEs (Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system)는 일본의 국가연구기관들과 여러제약회사들이 2002년부터 2011년까지 공동으로 참여한 프로젝트에서 얻은 150개의 화학물질에 대한 데이터를 기반으로 만들어진 독성유전체 데이터베이스이다.

데이터베이스 특징 #

TG-GATEs 데이터베이스에서는 총 150개의 화학물질에 대해 human과 rat 실험 모델에서 나온 유전자발현 및 조직병리학 데이터를 제공하고 있다. Human 정보에서는 invitro 칩 데이터만 제공하고 있으며, rat에서는 invitro 칩 데이터 뿐만 아니라 liver, kidney로 구분하여 각각의 칩 데이터와 조직병리학 데이터를 제공하고 있다. 또한, 150개의 화학물질에 대한 public data 정보도 함께 제공하고 있다.

웹 어플리케이션 기능 #

(1) 검색기능

Open TG-GATEs 웹 어플리케이션에서는 두 가지 검색 기능을 제공하고 있다. 하나는 화학물질 150개 리스트 중에서 특정 화학물질을 선택하여 관련 유전발현 정보나 조직병리학 정보를 얻을 수 있는 검색방법이고, 또 다른 하나는 liver, kidney별로 나누어 관련 정보들을 얻는 수 있는 방법이다. 이 뿐만 아니라, pathological data에서는 dose, time 등으로 검색이 가능하다.

(2) 조직병리학 결과 뷰어 기능

조직병리학 결과들을 클릭하여 들어가게 되면 WebScope와 연동되어, 조직병리학 결과사진들을 보여주는 기능도 지원하고 있다.