OpGen optical mapping #

Argus Optical Mapping System을 통하여 한번에 genomic 비교분석 , strain typing과 De novo sequence assemble이 가능하다.
OpGen Mapping 방법은 DNA 분자 한 가닥의 제한효소 부위를 이미지로 판독하므로 위치나 순서가 정확히 결정되어, 분석하고자 하는 개체의 사전정보 없이도 결과를 얻을 수 있다.
3Gb 이상 Genome의 Sequencing Assembly가 가능한 Genome-Builder로 OpGen mapping service를 더 빠르게 진행 가능하다.

Optical Mapping Technology #

1. 미생물에서 DNA 추출
   2. 특수 처리된 유리판
   3. DNA 가닥을 실처럼 폄
   4. 제한 효소 처리
   5. 형광 염색
   6. 개별 DNA 가닥을 분석
   7. 모든 가닥의 데이터를 집합하여 전체 map 완성

Data 적용 분야 #

1. Comparative Genomics
   Genome과 Genome을 바로 mapping하여 whole genome을 비교 분석.
2. Strain Typing
   
3. Sequence Assembly
   De novo sequencing 을 진행 후, sequencing contig와 optical map을 비교하여 잘못assemble된 부분에 대해서 정확하게 확인 가능.
   100Mb 이하의 genome에 대해서는 re-arrangement를 통해 complete genome을 완성하며, 100 Mb 이상의 genome에 대해서는 super scaffold를 만들어 90% 이상으로 gap을 줄일 수 있음.

기타 응용 분야 #

1. GeneBank Access 혹은 data input을 통한 미생물 동정.
   
2. 샘플내의 미생물의 종류 및 각 종류의 양 확인.
   
3. 소량의 DNA로 충분하므로 배양이 어렵거나 귀중한 sample의 지놈 분석에 유용.
   
4. Extra-chromosomal element 확인이나 sequencing등의 방법으로 확인이 어려운 부분의 판독에 유리.

참고문헌 #

• http://opgen.com/news/opgen-announces-argus-optical-mapping-system-purchase-by-bgi