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Oncomine #
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Structured data

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Database

Oncomine 이란? #

Cancer에 특화된 데이터베이스로써 원하는 [[유전자나 질병 또는 실험조건에 따라 데이터를 검색할 수 있다. 최초의 Oncomine™ 어플리케이션은 미시간대학교의 의사, 과학자 및 소프트웨어 엔지니어들이 고안한 것이다. Oncomine™ Research Edition은 학술 연구자들에게 계속 무료로 제공된다.

프리미엄 데이터베이스는 업데이트된 최신 데이터를 제공한다. 또한 function 차이가 확연히 다릅니다. 예를 들어 데이터 export에 제한이 있다.

▪ 미시간대학교의 원래 Oncomine™ 어플리케이션을 기반으로 함

▪ 책갈피 지정, 온톨로지 기반 필터링, meta-COPA 기능을 포함함

▪ 비상업적 용도의 경우 무료 라이선스를 통해 사용 가능함

▪ Oncomine™ Research Premium Edition을 업그레이드하려면 등록을 해야 함

Oncomine 사용법 #

각각 목적에 따라 접속할 수 있는 site가 다르다. https://www.oncomine.org/ : Academic and nonprofit users https://www.oncomine.com/ : Subscription customers trial 신청은 org(아카데미),com(기업형) 사이트에 접속하여 concomine 로그인 창 아래 register 버튼을 클릭하여 정보를 입력하며, 정보 중 E-mail address가 가장 중요한데 .com과 같은 기업형 주소는 trial 신청을 할 수 없다.

장점 #

웹 어플리케이션에서부터 Bioinformatics 서비스에 이르기까지 Oncomine™ Platform은 확실한 동료 연구자가 검토한 분석 방법뿐 아니라 유전자 발현 특징(signature), 군집(Cluster), 유전자 세트 모듈을 계산하는 강력한 분석 기능 세트를 통해 개별 연구자 및 다국적 기업을 위한 솔루션을 제공하므로 데이터에서 생물학적 정보를 자동으로 추출할 수 있다. 이 제품은 동료 연구자가 검토한 880편 이상의 논문에 인용된 업계 표준 도구가 되어 있다. Oncomine™ Platform은 다음을 비롯한 고유한 이점을 통해 획기적인 발견을 이루는 기반으로서 사용되고 있다.

데이터를 분석하는데 방법이 다 다르고 하나의 유전자가 여러 개의 이름으로 불리는 문제를 해결하였다. illumina, Agilent등, 어떤 칩 플랫폼을 사용하든 간에 쉽게 불러올 수 있으며 여러 플랫폼의 데이터를 자동으로 Normalization을 자동으로 해주므로 쉽게 사용할 수 있다. 또한 여러 개의 이름의 유전자들이 모두 똑같이 검색이 가능하다.

Public database를 미시건의 연구원들이 직접 논문저자들과 통화를 통해 데이터의 의미를 정확히 파악하여 검증하는 방법으로 큐레이션하였으며, 무료데이터를 제대로 사용하기 위한 툴이라고 할 수 있다. 그리고 수많은 데이터들을 한눈에 볼 수 있도록 도표나 그림으로 보여준다.

Data Set #

• 데이터들은 활용 가능한 마이크로어레이 (mRNA, DNA copy number) 데이터들로 이루어져 있음

• Compendia Bioscience는 GEO, ArrayExpress, 논문 저자들과의 논의를 통해 데이터를 확보함

• 데이터 타입은 mRNA, DNA copy number로 구성되어져 있음

• 발현값은 log2 median-centered intensity로 산출되어져 있으며 quantile normaliztion으로 전처리하였음

Analysis #

• Coexpression analyses

Coexpression 분석을 위해 average linkage hierarchical clustering를 이용하여 cluster를 형성하고 각 cluster로부터 대략적인 correlation을 산출함

• Differential expression analyses

질병 subtype이나 그 외 그룹 간의 DEG를 산출하기 위해서 제공하는 시스템 - Student’s t-test를 통해서 p-value를 도출함

• Outlier analyses

Compendia developed Cancer Outlier Profile Analysis (COPA)는 유전자 발현 정보를 기반으로 outlier에 속하는 유전자를 동정하였음

예를 들어 유방암의 25% 가량은 ERBB2를 과발현하지만 통계처리에서는 ERBB2가 DEG로 동정되지 않음. Outlier analyses는 ERBB2를 주요 유전자로 분류 가능함

기타 #

제약회사에서 주로 사용하고 있으며, 미시건의 기존 회사를 2년 전에 Life TechnologiesTM에 인수되었다.

NGS에 관한 database는 계속 업데이트 중이다.

https://www.youtube.com/user/CompendiaBio : 참고 동영상 자료

참고: http://www.lifetechnologies.com/kr/ko/home/life-science/cancer-research/cancer-genomics/cancer-genomics-data-analysis-compendia-bioscience/oncomine-cancer-genomics-data-analysis-tools.html

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