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OncoSearch : 암 관련 유전자 정보 검색 엔진 #

OncoSearch는 국내 연구진(KAIST 박종철 교수 연구팀, GIST 이현주 교수)이 관련 유전자를 보다 빠르고 정확하게 찾을 수 있도록 개발한 검색 엔진이다.

Medline에 탑재된 300만건에 육박하는 암 관련 유전자에 대한 문헌에서 암과 유전자 관련성에 대한 정보를 Mdline에서 검색할 수 있고, 첨단 텍스트마이닝 기술을 이용하여 문헌에서 자동 수집된 유전자의 발현량 변화와 유전자 변화에 따른 암 상태 변화 정보를 파악할 수 있다.

OncoSearch는 유전자 발현량변화, 암진행상태변화, 유전자의 암 관련 역할을 문장 구조 분석 및 추론을 통해 파악해 종양형성유전자 및 종양억제유전자 등으로 분류해 이에 대한 정보까지 함께 제공한다.

참고문헌 : http://kaistar.e- eyagi.com/sub02/articles/view/tableid/board9/id/4750

. 온코서치는 기존의 검색 시스템과 달리

그림 1

그림 1. OncoSearch 메인 화면

검색은 크게 2가지로 나누어 진행할 수 있으며, 유전자 이름 또는 유전자 ID로 검색하여 유전자 발현 정보 및 기대되는 유전자 클래스를 제공하거나 암 종류 또는 NCI 코드를 이용한 검색으로 해당 암에 관련한 유전자 정보 및 암 상태 변화 등을 제공하고 있다.

그림 2

그림 2. 유전자 검색 시 정보

또한 검색된 정보는 어느 문헌정보의 문장을 통하여 추출된 것인지 해당 abstract 정보와 PubMed 링크도 함께 제공하고 있다.

그림 3 그림 4

그림 3-4. 텍스트 마이닝 정보

그리고 유전자들이 서로 어떠한 네트워크를 가지고 있는지 그래프로도 그 정보를 확인할 수도 있다.

그림 5

그림 5. 유전자 네트워크 그래프

이렇게 검색한 결과들은 다운로드가 가능하여 tab-delimited 텍스트 파일로도 제공되기 때문에 저장하여 사용할 수 있다.

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