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NGS 활용 임상유전체 분석 - Hereditary disease (책 발간용 글 편집 및 수정) #
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Category
Analysis

Germline mutation #

어떤 형질이 부모로부터 대물림되는 현상, 달리 말해서 부모의 유전형질이 자손에게 전달되어 발생하는 질병을 Hereditary disease라고 말한다. 그 예로는 유전성 난청, 근이양종, 윌슨병, 유전성 암, 유전성 치매, 유전성 파킨슨 병 등이 있다.
이렇게 부모로부터 물려받은 유전질환에 대해서 검사하고 싶다면 Germline mutation을 타겟으로 하여 검사한다.

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Germline mutation 분석 #

Somatic mutation 분석과 비슷하게 개개인으로부터 sequencing, read mapping, variant calling 까지 진행한 후, 유전질환이 없는 가족 구성원과 환자와 변이 비교를 통해 유전질환 원인이 되는 germline mutation을 찾는다.
이 때 고려할 것 중 하나는, NGS 검사의 특성상 위치별로 다른 Coverage 및 Depth이며, 이는 SNP 검사 결과의 신뢰도와 error rate 등에 영향을 주게 된다. 가령, Germline mutation을 target으로 변이를 검출할 때, 어느 부위에서 A가 10번, T가 90번 읽혔다고 가정해보자. 그러면 이 변이는 Somatic mutation일 가능성이 매우 높기 때문에 분석에서 제외하는게 좋다. 왜냐하면 Germline은 부모로 부터 물려받았기 때문에 Homozygete 또는 Heterozygote의 2가지 경우만 있을 것이고, SNP을 읽었을 때 50:50으로 읽히거나(Heterozygote), 100%로 동일하게 (Homozygote) 읽혀야 하기 때문이다.

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Reference #

https://2wordspm.wordpress.com/2017/10/27/%EC%9C%A0%EC%A0%84%ED%95%99-%EC%A4%91%EC%9A%94%EA%B0%9C%EB%85%90-%EC%A0%95%EB%A6%AC-germline-vs-somatic-mutation/

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