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NGSQCToolkit #
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Software

NGSQCToolkit #

NGSQCToolkit #

차세대 시퀀싱(NGS) 데이터의 품질 관리(QC)를 위한 Toolkit이다. Toolkit은 표와 그래프의 상세한 결과 그리고 고품질의 시퀀스 데이터의 필터링을 담은 IlluminaRoche 454 플랫폼을 사용하여 생성된 시퀀스 데이터의 품질관리를 위한 사용자 친화적인 도구로 구성되었다. 이것은 또한 NGS 데이터 품질관리 및 분석에 도움이 되는 여러 도구들을 포함하고 있다.

Tools in NGS QC Toolkit #

NGSQCToolkit에는 크게 4가지의 서브 카테고리로 구성되어 있다.
1) QC Tools
2) 포맷 변경 Tools
3) Trimming Tools
4) 자료통계 Tools

QC Tools #

  • IlluQC.pl : Illumina 플랫폼(FASTAQ 형식)을 사용하여 생성된 시퀀싱 데이터의 품질관리를 위한 도구
  • IlluQC_PRLL.pl : 이 도구는 IlluQC.pl과 동일한 기능을 수행하나, 분석 속도를 높이기 위한 다수의 CPU를 사용하는 추가적인 옵션을 제공
  • 454QC.pl : 454 플랫폼을 사용하여 생성된 시퀀싱 데이터의 품질 관리를 위한 도구
  • 454QC_PRLL.pl : 이 도구는 다수의 CPU를 사용하여 분석된 데이터를 갖고 454QC.pl과 동일한 품질관리 분석을 수행
  • 454QC_PE.pl : 454 플랫폼을 사용하여 생성된 paired-end 시퀀싱 데이터의 품질관리를 위한 도구
    -- Illumina read를 처리하는 tool은 454 read를 처리하는 tool과 다르게 single-end와 paired-end를 구분하지 않은 이유로 Illumina와는 다르게 454는 paired-end로 sequencing하는 경우가 드물기 때문으로 생각된다.

Format-converter #

  • SangerFastqToIlluFastq.pl : To convert fastq-sanger variant to fastq-Illumina variant of FASTQ format
  • SolexaFastqToIlluFastq.pl : To convert fastq-solexa variant to fastq-Illumina variant of FASTQ format
  • FastqTo454.pl : To convert FASTQ format to 454 format
  • FastqToFasta.pl : To convert FASTQ format file to FASTA format file for reads/sequences

Trimming #

  • TrimmingReads.pl : Tool for trimming reads from 5’ and/or 3’ end of the read (FASTQ 또는 FASTA 형식)
  • HomoPolymerTrimming.pl : Tool for trimming 3’ end of the reads from the first base of homopolymer of given length

Statistics #

  • AvgQuality.pl : 도구는 주어진 FASTA 품질 파일에 대한 각각의 read 및 전반적인 품질 점수의 평균 품질 점수를 계산(quality score 파일을 입력받아 점수를 계산하는 도구)
  • N50Stat.pl : fasta 파일을 input으로 받아 N50을 계산하는 도구

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