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NGSQCToolkit
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Table of Contents
NGSQCToolkit #
NGSQCToolkit #
차세대 시퀀싱(NGS) 데이터의 품질 관리(QC)를 위한 Toolkit이다. Toolkit은 표와 그래프의 상세한 결과 그리고 고품질의 시퀀스 데이터의 필터링을 담은 Illumina 및 Roche 454 플랫폼을 사용하여 생성된 시퀀스 데이터의 품질관리를 위한 사용자 친화적인 도구로 구성되었다. 이것은 또한 NGS 데이터 품질관리 및 분석에 도움이 되는 여러 도구들을 포함하고 있다.
Tools in NGS QC Toolkit #
NGSQCToolkit에는 크게 4가지의 서브 카테고리로 구성되어 있다.
1) QC Tools
2) 포맷 변경 Tools
3) Trimming Tools
4) 자료통계 Tools
QC Tools #
- IlluQC.pl : Illumina 플랫폼(FASTAQ 형식)을 사용하여 생성된 시퀀싱 데이터의 품질관리를 위한 도구
- IlluQC_PRLL.pl : 이 도구는 IlluQC.pl과 동일한 기능을 수행하나, 분석 속도를 높이기 위한 다수의 CPU를 사용하는 추가적인 옵션을 제공
- 454QC.pl : 454 플랫폼을 사용하여 생성된 시퀀싱 데이터의 품질 관리를 위한 도구
- 454QC_PRLL.pl : 이 도구는 다수의 CPU를 사용하여 분석된 데이터를 갖고 454QC.pl과 동일한 품질관리 분석을 수행
- 454QC_PE.pl : 454 플랫폼을 사용하여 생성된 paired-end 시퀀싱 데이터의 품질관리를 위한 도구
-- Illumina read를 처리하는 tool은 454 read를 처리하는 tool과 다르게 single-end와 paired-end를 구분하지 않은 이유로 Illumina와는 다르게 454는 paired-end로 sequencing하는 경우가 드물기 때문으로 생각된다.
Format-converter #
- SangerFastqToIlluFastq.pl : To convert fastq-sanger variant to fastq-Illumina variant of FASTQ format
- SolexaFastqToIlluFastq.pl : To convert fastq-solexa variant to fastq-Illumina variant of FASTQ format
- FastqTo454.pl : To convert FASTQ format to 454 format
- FastqToFasta.pl : To convert FASTQ format file to FASTA format file for reads/sequences
Trimming #
- TrimmingReads.pl : Tool for trimming reads from 5’ and/or 3’ end of the read (FASTQ 또는 FASTA 형식)
- HomoPolymerTrimming.pl : Tool for trimming 3’ end of the reads from the first base of homopolymer of given length
Statistics #
- AvgQuality.pl : 도구는 주어진 FASTA 품질 파일에 대한 각각의 read 및 전반적인 품질 점수의 평균 품질 점수를 계산(quality score 파일을 입력받아 점수를 계산하는 도구)
- N50Stat.pl : fasta 파일을 input으로 받아 N50을 계산하는 도구
