두 서열이 이들의 공통조상(common ancestor)이래로 축적한 치환의 양(K)은 보통 두 서열간의 염기서열 차이를 합산하여 결정한다. 그리고 K를 하나의 서열위치(site)당 치환 횟수로 나타낸 후, 이를 분기시간(divergence time, T)과 함께 고려하면 치환속도(substitution rate, r)를 계산할 수 있다. 치환은 두 개의 서열에서 동시에 독립적으로 축적되기 때문에, 치환속도는 두 상동서열(homologous sequence)이 축적한 치환의 수를 다음 식에서 처럼 2T로 나누어야 한다.

$$ r = K / (2T) $$

치환속도를 측정하기 위해서는 적어도 두 종류의 생명체로부터 데이터를 얻어야 한다는 것을 유념하여야 한다. 위 식은 간단하지만 진화속도(evolutionary rate)가 비슷한 생명체들에 대해서는 다른 물적 증거(physical evidence)가 없더라도 치환속도로부터 진화적 사건이 발생한 시점에 대한 단서를 찾을 수도 있다. 또한 부분별로 유전체의 역할을 규명 하는데 유전자 사이의 치환속도를 비교하는 것이 이용되기도 한다.

참고문헌 #

• 생명정보학, 월드사이언스, 조재창, 2007. 03., 54~55p