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Microcosm #
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Structured data

Category
Database

Microcosm Targets #

miRNA target prediction Database로 EBI-EMBL의 관리하에 운영되고 있다. Ensembl등 최신으로 유지되는 Primary databases들의 miRNA 데이터를 구축된 알고리즘을 통해 여러 종에서의 miRNA target정보를 담고 있는 DB로 가장 널리 사용되는 miRNA Database 중 하나이다.

Data status #

아래와 같은 총 22개 종에서 463,100개의 target 정보를 담고 있다.

Species                     Taxonomy    miRNAs  Transcripts Targets
Aedes aegypti               Insecta     82      16059       12196
Anopheles gambiae           Insecta     82      12708       9721
Bos taurus                  Vertebrata  676     25759       25620
Caenorhabditis briggsae     Rhabditida  135     13785       6639
Caenorhabditis elegans      Rhabditida  136     24728       20366
Canis familiaris            Vertebrata  668     23628       23551
Danio rerio                 Vertebrata  233     28774       27534
Drosophila melanogaster     Insecta     93      15416       12046
Drosophila pseudoobscura    Insecta     88      12416       6270
Gallus gallus               Vertebrata  651     20842       20433
Gasterosteus aculeatus      Vertebrata  172     26423       25070
Homo sapiens                Vertebrata  851     35864       34788
Macaca mulatta              Vertebrata  656     32302       31830
Monodelphis domestica       Vertebrata  644     26013       25945
Mus musculus                Vertebrata  793     30936       30484
Ornithorhynchus anatinus    Vertebrata  668     23097       22480
Oryzias latipes             Vertebrata  172     23514       22256
Pan troglodytes             Vertebrata  662     29355       6510
Rattus norvegicus           Vertebrata  698     30421       30164
Takifugu rubripes           Vertebrata  173     21972       20983
Tetraodon nigroviridis      Vertebrata  174     28005       25438
Xenopus tropicalis          Vertebrata  199     24272       22776

Usage #

Web search기능을 제공하고 있으며 해당 miRNA가 갖는 Targets정보를 쉽게 확인이 가능하며 전체 Database를 다운 받아 가공하여 사용도 가능하다

Link #

http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

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