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MethylationEPIC BeadChIP #
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MethylationEPIC ChIP?
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인간조직에서 메틸레이션 레벨을 측정할 수 있는 ChIP에 일종이며, 인핸서 영역, 유전자 영역, 프로모터 영역과 CpG island 영역을 포함하여 850,000 이상의 CpG영역을 포함하는 Methylation bead chip 이다.

<그림1.Human MethylationEPIC ChIP>

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배경
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최근 ENCODE나 FAMTOM5 프로젝트를 포함한 메틸레이션 스터디에서 중요하게 차등 메틸화된 영역이 인핸서 영역에서 많이 발견되었다. 이러한 새로운 영역의 중요성이 강조되면서 이에 Illumina사에서 이전ChIP인 HumanMethylation450 BeadChIP 의 CpG영역을 90% 포함하면서 인핸서 영역 (350,000 CpG)을 추가하였다. 이에 이전 버전보다 더 많은 영역의 후성유전학적 변화를 탐색할 수 있게 되었다.

포함영역
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1) 유전자 영역(그림2)
2) CpG island 영역 이외의 CpG 영역
3) CHH 영역 (줄기세포에서 밝혀진 CpG 영역이 아닌 곳에서의 메틸레이션 변화 영역)
4) 정상 조직에 비해 암에서 차등 메틸화 영역으로 밝혀진 영역
5) FAMTOM5의 인핸서 영역
6) ENCODE의 open chromatin영역과 인핸서 영역(그림3)
7) DNase hypersensitivity sites
8) miRNA 프로모터 영역
9) HumanMethylation450 BeadChIP 의 90% 이상의 컨텐츠 영역

<그림2.MethylationEPIC ChIP의 유전자 영역에서의 coverage >

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<그림3.MethylationEPIC ChIP의 인핸서 영역에서의 coverage >

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정확도
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MethylationEPIC ChIP은 HumanMethylation450 BeadChIP과 반복실험 간에 상관관계가 높게((r2 > 0.98) 나타나며 이에 대한 상호 간의 연관성은 아래 그림과 같다.

<그림4.Infinium 메텔레이션 기술의 상호 생산성과 시퀀싱데이터 간의 상호연관성 >

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참고문헌
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1) Portela A, Esteller M. Epigenetic modifications and human disease. Nat Biotech. 2010;28:1057-1068.
2) Rakyan VK, Down TA, Balding DJ, Beck S. Epigenome-wide association studies for common human diseases. Nat Rev Genetics. 2011;12(8):529-541.
3) Morris TJ, Butcher LM, Feber A, et al. ChAMP: 450K chip analysis methylation pipeline. Bioinformatics. 2014;30(3):428-430.
4) Assenov Y, Muller F, Lutsik P, et al. Comprehensive analysis ofDNA methylation with RnBeads. Nat Methods. 2015;11(11):1138-1140.
5) Infinium HD FFPE DNA Restoration Protocol
6) www.illumina.com/products/inifinium_ffpe_dna_restoration_solution.ilmn
7) Infinium HD FFPE Methylation Assay, Manual Protocol
8) Infinium HD FFPE Methylation Assay, Automated Protocol
9) Illumina FFPC QC Assay Protocol

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