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Maximum likelihood(최대 우도) #

Maximum likelihood는 주어진 서열의 초기 집합에서 가능한 모든 트리 topology를 검토하는 방법으로, 서열들을 가장 진화적으로 잘 설명할 수 있는 생물계통체제를 통계적으로 찾아내는 것이다.

즉, 가능한 진화적 변화에 대한 확률을 모두 계산하여 가능성을 최대화함으로써 최적의 선택을 찾는다.

Maximum likelihood에 의한 방법은 다중 서열 정렬에서 사용한 치환 행렬처럼 아미노산이나 핵산의 치환율에 대한 정보를 이용한다.

Maximum likelihood 접근방식은 Markov chain Monte Carlo나 Bayesian inference 등 현대적인 통계적 방법들을 포함한 여러 가지 통계적 가설 및 검정이 가능하다는 점에서 매우 강력한 방법이지만 그 동안 컴퓨터의 능력의 한계로 계산에 오랜 시간이 걸렸다는 점이 약점으로 지적되어 왔다.

과거에는 계통분석 프로그램 패키지인 PHYLIP의 DNAML 을 이용했었다. 최근에는 DNAML을 빠르게 개량시킨 RAxML이 많이 활용되고 있다.

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