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Mate-pair #
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Structured data

Category
Analysis

Mate-pair 개요 #

mate pair는 긴 길이의 insert를 가지는 paired-end(Long-insert Paired End Reads)로 시퀀스의 양 끝 정보를 가지고있다. Mate-pair 와 Paired-end를 동일한 개념으로 생각할 수도 있으나 paired-end은 300~500bp의 insert를 가지는데 반해 mate-pair는 2kbp~10kbp 의 길이를 가지며 paired-end Sequencing 과 수행 과정에서도 차이가 있으므로 구분 해야 된다.

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Mate-pair reads의 방향성 #

일반적으로 mate-pair라고 하면 Illumina사의 mate-pair 라이브러리를 떠올릴 것이다. 위의 그림에서 보는 것과 같이 2kbp~10kbp의 긴 길이를 갖는 하나의 DNA fragment 양쪽 만달에 adapter를 부착 후 두 adapter 영역을 서로 이어 붙여 하나의 circle form을 형성하고 이를 다시 절단하여 adapter 영역을 포함하는 절편을 시퀀싱하게 된다. 이때 일반적인 paired-end 시퀀싱 방법과 동일한 데 이 경우 라이브러리 구축 시 앞서 설명한 것과 같이 독특한 형식을 취하기 때문에 paired-end의 forward-backward의 방향성에서 mate-pair의 경우 backward-forward로 변경되게 된다. 이점을 꼭 유의하여 분석을 수행해야 한다. 특히 soap denovo와 같은 assembler는 input reads의 방향성 또한 같이 입력받아 분석을 수행하기 때문에 라이브러리 구축에 대한 정확한 이해를 바탕으로 정확한 값을 입력해 주어야 정확한 결과를 얻을 수 있을 것이다.

활용 #

  • De novo sequencing
  • Genome finishing
  • Structural variant detection
  • Identification of complex genomic rearrangements
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