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Analysis

SAM/BAM 파일로 부터 mapping quality 확인 #

NGS 데이터의 Mapping quality 확인을 위해 Alignment 표준 포맷인 SAM(BAM) 파일로부터 SAMtools를 이용해 간단한 Reference coverage 및 Mapping depth를 확인한다.

Samtools를 이용한 SAM파일 전처리 #

1. sorting
    $samtools sort [in_put.bam] [output.sorted]
2. indexing
    $samtools index [input.bam]
3. samtools idxstats 
    $samtools idxstats [input.sorted.bam] > [output.bam.idx]

Mapping rate 알아보기 #

1. Average mapping rate
    $ cat [input.bam.idx] | awk '[sum +=$3} {sum2 +=$4} END {print "Average mapping rate = ", sum/(sum+sum2)}'

Mapping depth 알아보기 #

1. Depth printing
    $samtools depth [input.sorted.bam] > [output.depth]
    (output => contig name/ contig_locus/ depth)

2. cat [input.depth] | awk '{sum +=$3} END {print "Average aligned region depth = ", sum/NR}'

관련 페이지 #

(http://www.incodom.kr/SAMtools)

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