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MUMmer
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개요 #
MUMmer는 유전체 비교 분석을 위해 개발된 프로그램으로 비교적 거리가 가까운 미생물의 유전체 서열 비교하는 작업에 최적화되어 있다. MUMmer는 suffix-tree 알고리즘을 기반으로, 많은 염기서열의 align을 쉽고 빠르게 수행할 수 있도록 개발되었다.
성능 #
- 유전체 비교 분석 소요 시간 예제
| 비교 종 | MUMmer 2.1 | MUMmer 3.0 |
|---|---|---|
| E.coli K12 vs. E.coli O157:H7 | 102 MB / 18 s | 77 MB / 17 s |
| S.cerevisiae vs. S.pombe | 261 MB / 51 s | 204 MB / 47 s |
| A.fumigatus vs. A.nidulans | 578 MB / 128 s | 459 MB / 120 s |
