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MLST #
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Experiment

MLST(Multi-locus sequence typing) #

세균을 분류하는 분자 수준의 방법에는 여러가지가 있으며, 대표적으로 DNA:DNA hybridization, Ribotyping, MLST, Fatty acid analyses, rRNA sequencing 등이 있다. rRNA sequencing, Ribotyping이 비교적 쉽고 간단하게 이용되는 방법이지만 하나의 유전자에만 초점을 맞춰 분석이 되기 때문에 제한적이다. 따라서 MLST 방법을 많이 활용하고 있다. MLST는 Multi-Locus Sequence Typing의 약자로 약 6~7개의 house keeping 유전자를 PCR 증폭하여 염기서열을 확인한 후 그 차이를 비교함으로써 동일 종 내의 균주들의 특성을 확인할 수 있는 방법이다.

MLST 분석 과정 #

먼저 6~7개의 house-keeping gene을 PCR을 이용하여 증폭하고 그 절편을 시퀀싱한다. 이 후 유전자 서열을 기 발견된 MLST 데이터베이스와 비교하여 대립유전자(allele) 수와 염기서열 형을 체크하는 프로파일을 수행한 후 전체 시퀀스 타입(Sequence type, ST)이 결정된다. Allelic profile 또는 sequence type(ST) 사이의 차이점에 근거하여 새로운 ST가 발견되면 계통발생학적으로 다른 분류로서 데이터베이스에 추가할 수 있다. House keeping gene이란 세포에서 항상 일상적으로 발현되는 단백질들을 암호화한 유전자들을 의미하므로 여러개의 유전자를 이용하지만 종(species) 수준 이상의 분류는 불가하다.

MLST 응용 #

주로 세균 동정에 이용되며, 일반적으로 색 역학적 방법(항원-항체반응을 이용한 응집반응, ELISA 동정 등)을 사용하는데 다양한 대립 유전자 조합을 통해 매우 밀접한 유연관계가 있는 균주까지도 구별할 수 있다. MLST에서 가장 활발하게 이용되고 있는 분야는 의학으로 균주마다 병원성을 가지고 있는 세균은 그렇지 않은 세균과 차이를 분리해 내는것이 매우 중요하다. 이런 분류에 MLST는 굉장히 효과적인 분석 방법이 될 수 있다.

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