Description #

MITE-Hunter는 동식물의 non-coding region에 풍부한 class 2 non-autonomous transposable element (TE)의 일종인 miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs)를 탐색하는 프로그램이다.

Usage #

간단한 사용법과 옵션은 다음과 같다.

    $ MITE_Hunter_manager.pl -i genome.fasta -g species_name -S 12345678 -P 1

    -i : genome sequence file 입력
    -p : genome size가 700Mb 미만인 경우 1로 두고 그 이상인 경우 분석에 소요되는 시간이 길어지기 때문에 0.2와 같이 작은 값을 권장함. 입력된 genome sequence file의 20%만 사용하여 TE 탐색을 수행한다는 의미임.
    -g : 분석 결과 파일 핸들로 이용됨 (default : genome)
    -F : 입력된 genome 서열이 이미 인덱싱 (formatdb)된 경우 1로 주고 아니라면 0으로 줌 (default : 0)

Comment #

분석 결과 얻어진 TE consensus 서열을 RepeatMasker 등 반속 서열 분석 프로그램의 repeat library 파일로 이용하여 genome 상에서 masking을 수행할 수 있다.

Output #

consensus TE sequence 패밀리 및 multiple alignment 결과 파일 출력

• Step_8* : TE consensus sequence file
  • Step_8_singlet : TE consensus sequence file로 예측되었으나 입력된 genome 상에서 발견된 다른 TE consensus sequence와는 homology가 없는 경우
  • Step_8.paired : putative compound TEs 포함
  • MSA files : TIR, TSD structure 체크 가능 (bioedit 등 이용)

Tips #

Installation #

    $ wget -t 0 wget http://target.iplantcollaborative.org/mite_hunter/MITE%20Hunter-11-2011.zip
    $ unzip MITE Hunter-11-2011.zip
    $ perl MITE_Hunter_Installer.pl -d [MITE-Hunter 스크립트 위치] -f [formatdb 프로그램 위치] -b [blastall 프로그램 위치] -m [mDust 프로그램 위치] -M [muscle 프로그램 위치]

    # 설치시 -d 다음 입력되는 위치로부터 서브 프로그램들을 탐색하기 때문에 반드시 /까지 입력해 주어야 제대로 설치가 완료될 수 있다.

Requirement #

MUSCLE #

• MUSCLE 사이트에서 파일 다운로드 후 설치

mDust #

• mDust

BLAST #

• BLAST에서 파일 다운로드 후 설치