개요 #

MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)는 염기서열의 정렬, 백분율 거리의 계산, 계통분석 등이 가능한 소프트웨어로써, 계통학과 phylomedicine을 위한 복잡한 방법과 툴들도 포함하고 있다. 많은 사용자들은 DNA or Protein 서열을 정렬(ClustalW, MUSCLE)하여, phylogenetic tree를 그리는 데 이용한다. 무엇보다 무료로 배포가 되고 있으며, 2017.09. 현재 MEGA7의 최신버전을 제공하고 있다. 대용량의 데이터들을 다루기에 최적의 64-bit 환경과 윈도우즈 환경의 GUI 뿐만 아니라, Mac OS X와 Linux에서도 사용이 가능하다.

특징 #

MEGA는 하나의 FASTA 파일에 모든 샘플 정보를 입력하여 사용할 수 있다.

1. 염기배열은 대/소문자를 구별하지 않
2. '>’ 부등호가 쓰인 행은 텍스트로 인지하므로 헤더 정보로 이용함
3. 빈 칸이 필요하다면 언더바(_)를 이용

> [출처 : 메가 홈페이지 features]

위 그림은 사용되고 있는 모델 및 기능들을 보여준다.

사용법 #

지금부터 FASTA 파일을 이용하여 Phylogenetic tree를 그리는 과정을 직접 해 보자.

1.FASTA 파일을 준비한다.

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2.MEGA 7을 실행한 후, FASTA 파일을 open한다.

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3.FASTA 파일을 열어 ClustalW로 Alignment를 진행한다.

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4.Alignment 진행이 완료된 결과는 MEGA Aln 포맷인 masx로 저장한다.

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5.Phylogenetic tree를 그리기 위해서는 MEGA format으로 저장한다.

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6.Phylogenetic tre는 사용자의 상호아에 맞게 방법을 선택하여 Tree를 그린다.
- 여기서는 ML (Maximum Likelihood)과 bootstrap : 500을 이용하여 진행한다.

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Reference #

1. Mega Homepage
2. Mega 7 paper
3. Mega Online Manual