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MCScanX #
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Structured data

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Software

MCScanX(Multiple Collinearity Scan toolkit) #

MCScanX 의 정의 #

MCScanX는 두개 이상의 유전체 혹은 서열 등에 포함되는 유전자 정보를 이용하여 homologous 한 synteny region 을 찾아내는 프로그램 패키지이다.

MCScanX 의 구조 #

MCScanX 의 구조는 크게 두 가지 단계로 구분할 수 있다.
1. blast 결과 등과 같은 multiple alignment에 대한 결과를 이용하여 synteny 와 collinearity region 에 대해 예측한다.(Core programs)
2. 예측된 synteny, collinearity region 을 분석 및 시각화한다.(downstream programs)

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이미지 출처 : MCScanX structure(http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2)

설치 #

MCScanX 의 설치는 매우 간단하며,
모든 MCScanX 내의 모든 프로그램은 MAC OS 또는 LINUX 시스템 상에서 실행가능하다.

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip
unzip MCScanX.zip
cd MCScanX
make

모든 설치가 완료되면,
Core 프로그램인 MCScanX, MCScanX_h, duplicate_gene_classifier와
Downstream 프로그램(총 12개)들을 확인할 수 있다.

Image
이미지 출처 : Downstream programs(MCScanX manual)

MCScanX의 Core 프로그램 #

  1. MCscanX
    MCscanX은 MCScan 알고리즘을 변형한 것으로,
    입력한 reference 의 chromosome에 따라 정렬되는 collinear block들을 detection 하는 프로그램이다.
    input 파일은 target protein 을 reference protein에 매칭시킨 blast(.tbl) 파일과 target 및 reference protein에 대한 position 정보를 포함한 gff 파일이다.
  2. MCScanX_h
    MCScanX 는 blastp 의 tbl 파일을 input으로 활용하는 반면,
    blast 가 아닌 다른 프로그램(thirdparty program)에 의해 생성한 pair-wise relationship을 가지는 파일을 input으로 하려면 MCScanX_h 프로그램을 사용해야 한다.

참고 #

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2

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