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MAPRseq #
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Software

MAPR-seq #

샘플 대 샘플 또는 여러 군집 샘플 내의 특정 유전자의 발현정도를 비교하기 위한 RNA-seq분석은 많이 이용한다. 그러나 결과를 얻기 위하여 사용하는 사용하는 분석 프로그램들은 다양하고 분석 단계 및 샘플에 따른 프로그램을 효율적으로 사용하기 위한 지식이 없으면 분석이 쉽지 않다. 그래서 이번에는 여러 RNA-seq 분석 프로그램을 하나의 파이프라인으로 연결해서 한꺼번에 분석해주는 MAPR-seq을 소개하고자 한다. MAPR-seq은 새로운 알고리즘을 적용한 분석프로그램이 아닌 초보자들도 쉽게 RNA-seq분석을 할 수 있도록 기존 알려진 분석프로그램을 파이프라인화 하여 한꺼번에 진행하는 것이 장점이다.

분석 워크 플로우 #

MAPR-seq의 분석은 우선 FastQCRSeQC 프로그램을 사용하여 Quality 분석을 진행 후 Tophat2Bowtie 프로그램을 사용하여 맵핑을 진행한다. 그 후 Gene count, Exon count, SNP callingFusion detection같은 Downstream 분석을 수행하고 그 결과를 자동화하여 HTML형태로 제공하여 실제 브라우저상으로 확인이 가능하다.

MAPR-seq workflow

그림1. MAPR-seq 워크플로우

MAPR-seq 사용하기 #

MAPR-seq은 기초 사용자를 위하여 VMware(Virtual Machine)를 사용하여 윈도우에서 바로 설치 후 사용이 가능하며, 고급사용자를 위하여 리눅스 환경에서 관련 프로그램 및 시스템 라이브러리를 설치 후 사용이 가능하다.

MAPR-seq VM ware

그림2. MAPR-seq VM ware

설치시 요구사항 #

고급사용자를 위한 설치방법은 우선은 라이브러리가 필요하며, Public 프로그램이기에 요구하는 OS의 종류 및 시스템 라이브러리가 많기에 설치시 주의가 필요하다.(자세한 내용은 MAPR-seq 홈페이지 참조)

리눅스 설치시 시스템 요구사항

그림3. 리눅스 설치시 시스템 요구사항

설치 방법 #

설치 방법은 그림4와 같이 간단하다. 다운받은 파일의 압축을 풀어주고 인스톨을 진행하면된다. 시스템 사양에 따라 다르겠지만 Vmware로 진행하는 경우에는 약 10분정도 소요되며, 리눅스로 설치시에는 indexing 시간을 생각하여 최대 6시간이 걸린다.

설치 방법

그림4. 설치 방법

프로그램 실행 #

프로그램의 실행 또한 간단하다. 그림5와 같이 하나의 명령어를 입력하면 된다. 다만 입력시 3개의 config 파일의 정보를 샘플 및 사용자환경에 맞게 수정해 주어야한다.

프로그램 실행

그림5. 프로그램 실행

HTML 리포트 #

분석 후 결과는 그림6,그림7,그림8과 같은 HTML 형식의 리포트를 제공하기에 브라우저상에서 쉽게 살펴 볼 수 있다. 다만 그림8과 같은 경우에는 IGV 등의 시각화 프로그램은 추가로 설치해 주어야한다.

결과 페이지

그림6. 결과 페이지

Splice 및 Fusion 정보

그림7. Splice 및 Fusion 정보

Single Nucleotide Variants 정보

그림8. Single Nucleotide Variants 정보

출처 #

http://bioinformaticstools.mayo.edu/research/maprseq/)

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