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MACS2 #
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MACS2? #

MACS version1.4와 차이 #

하드웨어 #

내용 #

Advanced call peaks #

1) 중복된 리드의 제거(Filter duplicates)
2) Fragment 길이 (d)의 결정
3) ChIP 샘플의 길이 확장(Extend fragment)
4) control 샘플로 부터 background bias를 빌딩
5) control과 ChIP샘플의 시퀀싱 depth의 스케일 보정
6) ChIP과 local lamda를 비교하여 pvalue와 qvalue 계산

Call differential binding events #

MACS ver.2에서 제공해 주는 내용으로써 callpeak와 bdgdiff 옵션을 사용하여두개의 조건에서 차이나는 영역을 찾아 준다.
1) Generate pileup track using callpeak module
callpeak 옵션을 사용하여 pileup 트랙을 만들어 준다.
2) call differential regions
두 개의 조건에서 차이가 나는 영역을 찾아 준다.
3) Output
- 조건2에 비해 조건1에서 많이 enrichment된 영역의 리스트
- 조건1에 비해 조건2에서 많이 enrichemnt된 영역의 리스트
- 두개 조건에서 공통적으로 enrichment된 영역의 리스트

결과 #

1) Fragment estimation결과
Fragment estimation

<그림1. Fragment estimation 결과>


2) Peak calling 결과 peak calling

<그림2. peak calling>

참고문헌 #

  1. http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/
  2. https://github.com/taoliu
0.0.1_20210630_7_v33