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MACS #
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MACS (Model-based Analysis of ChIP-Seq) #

MACS의 소개 #

차세대 시퀀싱 기술의 발달 중 ChIP-Seq (chromatin immunoprecipitation)은 유전체와 단백질 서열의 연관성 연구에 사용되는 대중적인 연구전략으로 자리잡았다. MACS 는 Model-based Analysis of ChIP-Seq의 약자로 이러한 ChIP-Seq 분석을 위해 사용되는 대표적인 분석 tool 이다. MACS 는 sonication 및 library construction 크기를 추정하여 이에 대한 시퀀싱 된 ChIP 의 절편 길이를 모델링하여 binding sites 를 예측한다. 또한 동적(dynamic) 포아송 분포를 이용하며 reads 분포의 bias를 고려함으로 효과적이고 민감한 예측을 할 수 있어 현재 많은 methylation study에서 사용되고 있다. 오픈소스로 누구나 접근하여 사용가능하고 Input 샘플유무와 상관없이 ChIP-Seq 분석에 적용 가능하다. MACS의 가장 최신 버전은 1.4.2 이며 2012년 이후로는 업데이트 되지 않으며 다양한 ChIP-Seq 분석이 가능한 MACS2로 업그레이드 되어 지원되고 있다.

Install methods #

  1. deb를 지원 하는 경우 패키지를 다운 받은 후 아래의 명령어로 설치

    dpkg -i macs_1.4.2.deb
    
  2. 또한 source를 다운로드 받아 python을 통해 install이 가능

    python setup.py install
    
  3. 아래 명령어(--prefix)를 통해 특정 경로를 지정하여 설치 가능

    python setup.py install --prefix /home/(user)
    
  4. MACS 를 이용하여 탐색된 Peaks의 subpeaks를 찾기 위해 Cpp기반의 PeakSplitter 를 우선 설치한다.

사용방법 #

bed 또는 eland 형식의 파일을 입력 파일로 받는다. 아래는 macs 실행 명령어의 예시이다.

macs14 –t ./Treatment_tags.bed -c ./Input_tags.bed -g hs -n FoxA1 –w

예제 명령어에서 사용된 옵션은 아래와 같다.

 --t (or –treatment) : ChIP-Seq 데이터 파일로 bed 파일이나 eland 형식의 파일 경로를 입력한다. (필수)
 --c (or –control) : ChIP-seq 의 input 데이터 파일로 데이터 파일과 동일하게 bed 형식이나 eland 형식의 파일 경로를 입력 한다. 
 -g (or –gsize) : 유효 게놈 사이즈. 1e+9 까지 등록 가능하다.특정 종에 대한 shortcut 도 사용 가능하다 (예 : hs – human, mm – mouse, ce-C. elegance, dm-friutfly  )
 -n (or --name) : 분석 명을 지정하는 옵션으로 결과 파일의 prefix 이다. 
 -w (or --wig) : wiggle 파일 생성 여부를 설정하는 옵션이다.


References #

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