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MACS #
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MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq) #

MACS의 소개 #

MACS는 Model-based Analysis of ChIP-Seq의 약자로 NGS의 발달로 인해 여러 연구 전략들이 나타남에 따라 면역침강을 이용한 Chip-seq데이터의 분석 tool이다. MACS는 포아송 분포를 이용하며 reads 분포의 bias를 고려함으로 효과적이고 민감한 예측을 할 수 있어 현재 많은 methylation study에서 사용되고 있다.

Install methods #

  1. deb를 지원 하는 경우 패키지를 다눙 받은 후 아래의 명령어로 설치

    • dpkg -i macs_1.4.2.deb
  2. 또한 source를 다운로드 받아 python을 통해 install이 가능

    • python setup.py install
  3. 아래 명령어(--prefix)를 통해 home directory하에 설치가 가능하다

    • python setup.py install --prefix /home/(user)
  4. 찾아진 Peaks의 subpeaks를 찾기 위해선 http://www.ebi.ac.uk/research/bertone/software에서 제공하는 Cpp기반의 PeakSplitter설치가 우선시 된다.

참고 site #

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