About Comparative genomics #

비교유전체 분석의 필요성은 인간 유전체 연구에서 강조되듯 신규 생물종의 유전체 연구에서도 그 필요성이 대두되고 있다. 신규 생물종의 전장 유전체 어셈블리가 완료된 후, 기존에 잘 연구된 모델 생물종 유전체와의 비교를 통해 유전체의 변화를 비교 연구하거나 다른 생물의 변이형을 이용해 생명현상을 연구할 수 있다. 이는 단백질, 구조 및 대사산물의 비교 연구를 통해 각 생명체간의 진화론적 비교연구에 초석이 된다. 비교유전체 파이프라인은 비교유전체 분석도구 중 대표적인 LAST (http://last.cbrc.jp/)를 이용해 수행된다.

About LAST #

LAST는 2008년 CBRC(Computational Biology Research Consortium)에서 개발됐으며 커맨드라인으로 이용할 수 있는 소스코드(http://last.cbrc.jp/)를 제공할 뿐만 아니라, 웹기반 서비스(http://lastweb.cbrc.jp/)도 제공한다.

Genome-Scale Sequence Comparison 을 위해 개발됐지만, vertebrate genomes 간의 비교뿐만이 아니라 vertebrate genome과 gDNA sequencing reads를 align할 수도 있다. Align 수행시에 translation frameshifts 고려하기 때문에 simple sequence match가 아닌 생물학적 특성을 고려한 비교유전체 분석을 수행할 수 있다.

LAST vs BLAST #

가장 큰 차이점은 align의 기초가되는 seed를 고정된 기준으로 찾을 것인가 아니면 가변적 기준으로 찾을 것인가이다. 이러한 특성은 비교유전체 분석에 큰 걸림돌 중 하나인 large gap을 유의하게 처리할 수 있다. ㅏㅓ 또한, repeat-rich sequence를 repeat masking 없이도 효율적인 align이 가능하다. 이러한 특성들은 비교유전체 분석에서 BLAST보다 LAST가 특화되어 있다고 말할 수 있다.