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Jbrowse #
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Structured data

Category
Software

Jbrowse #

Jbrowse란? #

  • Jbrowse는 빠르고, 쉽게 genome의 구조적 구성을 visual로 확인할 수 있게 해주는 프로그램이다. jbrowse는 HTML5와 javascript로 구축되었다. jbrowse는 gff3, bed, fasta, bam, vcf 등 다양한 format의 파일을 읽어들일 수 있다.

Jbrowse의 기능 #

  • Jbrowse는 쉽게 genome 서열을 입력하고 지정하여 해당하는 genome 서열에 대한 구조 정보를 track으로 추가할 수 있다.

  • Jborwse에 genome 서열을 선언한 후 구조 정보를 track으로 추가하는 방법은 아래와 같은 예시 command로 확인할 수 있다.

    ./bin/flatfile-to-json.pl --gff test.gff3 --trackLabel "test"
    
  • 이외에도 Jbrowse에 추가한 track을 제거할 수 있다.

    ./bin/remove-track.pl --trackLabel "test" --dir data/tracks/
    

Jbrowse와 유사한 genome browse #

  • Jbrowse말고도 유사한 genome browse로는 UCSC genoem browser와 Gbrowse가 있다. Jbrowse는 이들 borwse보다 쉽게 설치가 가능하고 HTML5 기반으로 Ajax기술을 사용하므로 서버의 부하가 적고 속도가 빠르다는 장점이 있다. 그렇기 때문에 이들 프로그램에 대한 설치 경험이 없는 초보자가 사용하기에는 Jbrowse가 좋은 프로그램이 될 수 있다.

Jbrowse의 사용 #

  • Jbrowse를 사용하다보면 막연하게 genome 서열 내 구조 위치를 확인한다는 느낌이 들 수 있다. 하지만 구조 정보가 없는 종의 draft gene modeling 정보를 확인하는 경우에는 굉장히 유용한 visual 프로그램이 될 수 있다. 물론 그외에도 다양한 기능들이 있지만 쉽고 빠르게 구조 정보를 확인하고 다른 정보와 비교할 수 있다는 점은 유전자 구조 및 스캐폴드 구조 분석 등을 용이하게 해줄 것이다.

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