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Jalview #
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Structured data

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Software

Jalview란 무엇인가? #

Jalview는 서열 편집기능과 분석, 가시화 기능을 제공하는 오픈소스 서열 editor이다. 이 밖에도 서열 Annotation, 2D structure 정보, Phylogenetic tree, 3D molecular structures Viewer 기능을 제공한다. Jalview는 데스크탑 어플리케이션 형태의 Jalview desktop와 웹기반 애플릿 형태의 Jalview lite 두가지 형태로 제공된다.

Jalview

Jalview Desktop #

Jalview 데스크톱은 로컬로 설치하여 사용자 데스크탑 환경에서 Jalview Project 프로젝트를 생성(작업단위)하고 서열 Ediotor, Multiple alignment 분석 및 주요 공개 데이터베이스에 엑세스해서 관련 데이터와 연계 등의 기능을 수행할 수 있으면 모든 수행 작업을 저장 할 수 있다. 또한 서열정보 및 분석정보를 가시화한 이미지, HTML 문서, Postscript 파일 형태로 내보낼 수 있어 연구자에게 연구결과의 가시화 도구로써 편의성을 제공한다.

Jalview

Jalview Lite #

Jalview Lite는 웹기반으로 사용자의 로컬데이터, 데이터 URL, text box 방식으로 데이터를 입력하여 jalview 기능을 이용할 수 있다. 또한 주요 공개데이터베이스에 서열 ID로 접근하여 서열정보를 가시화할 수 있으며, javascript API를 제공하여 있어 사용자가 자신의 웹사이트에 맞도록 커스터마이징하여 사용 할 수 있도록 하고 있다.

Jalview Applet(JalviewLite) 사용하기 #

아래 코드는 HTML applet 태크를 이용해 간단히 자신의 웹페이지에서 jalview 서열 Editor/가시화도구로써 기능을 이용할 수 있다.

 <applet
 code="jalview.bin.JalviewLite" width="756" height="560"
 archive="jalviewApplet.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="http://www.jalview.org/examples/plantfdx.fa"/>
 <param name="features" value="plantfdx.features"/>
 <param name="userDefinedColour" value="C=yellow; R,K,H=FF5555; D,E=5555FF"/>
 <param name="showFullId" value="false"/>
 <param name="embedded" value="true"/>
 <param name="linkLabel_1" value="Uniprot"/>
 <param name="linkUrl_1"
 value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
 <param name="linkLabel_2" value="EMBL-EBI Search"/>
 <param name="linkUrl_2"
 value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
 <param name="APPLICATION_URL"
 value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
 </applet>

유용한 파라미터 정보 #

  • permissions : value="sandbox" : jalview applet을 구동시키기 위해 반드시 필요한 파라미터
  • file : value="파일위치" : Fasta, PFAM, Clustal, MSF, PIR, or BLC 포멧 지원
  • features : value="파일위치" : Jalview or GFF 포멧 지원
  • linkLabel_1 : value="" : 공개데이터베이스 종류 표시 Uniprot,EMBL,EMBLCDS,PFAM,Rfam or PDB (linkLabel_2 등 추가 가능)
  • linkUrl_1 : value="데이터베이스 URL" (linkUrl_2 등 추가 가능)

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