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JBrowse #
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Structured data

Category
Software

JBrowse #

JBrowse는 genome browser중 하나로 JavaScriptHTML5로 만들어졌으며, 추가로 데이터 임폴트 등은 Perl을 이용하는 경우가 많다.

공식홈페이지 #

http://jbrowse.org/

URL을 이용하는 Tip들 #

JBrowse 단독으로서도 많이 사용하지만 다른 시스템과 연계하여 많이 사용되고 있다. 다른 시스템에서 JBrowse와 연계할 시 URL을 통한 접근을 하게 되는데 URL Argument를 이용하여 다양하게 Jbrowse를 사용할 수 있다.

서열 및 위치 선택 #

어느 서열의 어느 부분을 보여줄지 선택할 수 있다. 아래와 같이 JBrowse URL에 Argument를 넘겨준다.

?loc={reference 서열 ID}:{start}..{end}

Image

Track 선택 #

JBrowse는 여러 트랙을 로드할 수 있는데 tracks 옵션을 통해 트랙을 보여주거나 가릴 수 있다. 아래와 같이 JBrowse URL에 Argument를 넘겨준다.

?tracks={track1}
?tracks={track1},{track2},{track3},...

Image

Highlight 기능 #

지정한 영역에 대해 Highlight 표시를 할 수 있다. 시작 위치와 끝 위치를 지정하여 일정 영역 또는 특정 포지션을 노란색으로 표시 할 수 있다. 아래와 같이 JBrowse URL에 Argument를 넘겨준다.

?highlight={reference 서열 ID or Element ID}:{start}..{end}

Image

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