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Iso-Seq #
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Structured data

Category
Analysis

PacBio - Iso-Seq #

개요 #

제 3세대 시퀀서인 PacBio의 일종인 IsoSeq은 gene modeling을 연구하는데 많이 사용된다. 특히 SMRT (single molecule, real-time) 이라는 기술을 사용하여 DNA를 한 분자 상태에서 그대로 시퀀싱을 하여 평규 1,000base 이상의 read length를 가질 수 있다. 다음 영상은 PacBio의 원리를 보여주는 영상이다.

목적 #

Iso-Seq은 assembly없이 full-length transcript를 가지는데, 1개의 read = 1개의 transcrip가 되며, 0-15 kb full-length transcipt를 제공한다. 특히, alternatively spliced exon과 transcriptional start site에 대한 정확한 정보를 제공함을써, 다양한 분석에 활용할 수 있다.

활용 #

Isoform Sequencing (Full-length Transcriptome 분석)을 이용하여 다름과 같은 분석을 할 수 있다.

  1. novel transcripts와 genes 발견
  2. fusion gene 증명
  3. missing exon 찾기
  4. 많은 isoform의 양의 정확성 향상

Reference #

0.0.1_20140628_0