Ingenuity Pathway Analysis #

Ingenuity® Pathway Analysis (IPA®)는 웹 기반의 소프트웨어로 생물학적 기능과 pathway, 분자적 네트워크를 시각적으로 표현하는 도구이다.

관심 있는 특정 질병 또는 치료 분야에서 원인 분석을 위해 Ingenuity® Pathway Analysis (IPA®)를 이용하여 쉽게 기능적 관계를 도출하고 원인이 될 수 있는 분자적 인자를 찾을 수 있다.

도출된 pathway에 새로운 관계를 간단한 방법으로 추가할 수 있으며 기존의 pathway와 새롭게 발견한 pathway에 새로운 정보(annotation)를 추가하여 생물학적 의미를 더할 수 있다. Upstream pathway를 밝혀 원인을 분석하고 Downstream에 미칠 수 있는 영향을 분석하여 나아가서 질병과 약물의 영향을 밝힐 수 있는 경로를 제공한다.

특징 #

* 전문 큐레이션의 노력으로 구축된 데이터베이스로부터 관심 있는 치료영역과 특정질병에 대해 커스터마이즈 가능
* 분자에서 질병까지 또는 기능 관계와 원인분석, 네트워크 가시화 가능
* Genes, drug, chemicals, disease processes 등의 가장 최근의 연구결과를 반영한 정보로 분석 가능
* 두가지 이상의 샘플에 해당되는 각각의 시그널에서 유사한 패턴을 찾거나 scoring, cluster 가능

Application #

Gene & Chem & Disease/Function View #

* 유전자와 약물, 질병에 대한 자세한 설명을 제공
* gene, drugs, chemicals, protein, disease, signaling, metabolic pathway 정보를 포함
* 관심이 있는 factor의 링크를 통해 깊이 있는 연구 진행

Human Isoform View #

* 유전자 크로모좀 locus map, 유전자의 스플라이싱된 전사체 정보, 특정 단백질의 isoforms과 그에 해당하는 길이 정보를 제공
* 예측되는 단백질 도메인 정보 
* 문헌정보에 있는 expression, function, 특정 splice variant 조절 인자 정보를 제공

Canonical pathways #

* 일반적으로 알려져 있는 관심 있는 유전자나 질병 패스웨이를 보여줌.
* 각각 패스웨이의 p-value값을 통해 신뢰성 있는 패스웨이를 선택
* 관심 있는 패스웨이를 선택적으로 가시화

Upstream Regulator #

* 관심 있는 패스웨이에서 상위 조절자를 검색
* 상위 조절자에 의해 조절되는 유전자의 발현 양상 확인 가능
* 관심 있는 상위 조절자가 관여하는 네트워크를 선택적으로 가시화

Downstream Effects Analysis #

* 하위 시그널에서 일어나는 변화를 Heatmap으로 보여줌.
* 하위 시그널에서 발현하는 유전자가 function에 따라 분류되며, 발현 양상이 어떻게 달라지는지 예측 가능

Regulator Effects Analysis #

* Regulator에 의해 조절되는 상위 경로와 하위 경로를 계층적으로 가시화

microRNA Tools #

* [[mRNA]]을 타겟하고 있는 [[miRNA]]를 스크리닝

Interaction Networks #

* 여러 개의 네트워크의 상호작용을 가시화
* 실험 적인 값을 패스웨이 상에 Overlay 가능
* 기존 패스웨이에 관심 있는 유전자나 약물을 추가하여 커스터마이징 가능

Comparisons Analysis #

* 2개 이상의 데이터세트를 벤다이어그램으로 공통되는 유전자나 차별성 있는 유전자 정보를 뽑음.
* 각각의 데이터세트가 관여하는 패스웨이를 조건별로 비교하기 위한 Heatmap을 제공

System Requirement #

Window #

*Windows 8, 7, XP SP2 or later
*Internet Explorer 6 or later, Firefox 5 or later, Chrome 10 or later, Safari 5.05 or later

Mac #

* OS 10.9 Mavericks, OS 10.8 Mountain Lion, OS 10.7 Lion
* Firefox 5 or later, Safari 5.0.5 or later, Chrome 10 or later (with JRE 1.6.0_xx only. Chrome is incompatible with 1.7.0_xx)

RAM #

* 1.25GHz, 2GB RAM(권장사항: 2GHz, 4GB RAM)

Resolution #

* Minimum Screen Resolution of 1024×768

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