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Illumina NGS 장비 상세 (책 발간용 글 편집 및 수정) #
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Structured data

Category
Analysis

Illumina #

2007년 Illumina는 1998년에 설립된 Solexa를 합병한 후 NGS 장비를 점차 발전시켜 현재 시퀀싱 장비 회사의 큰 축으로 자리매김했다.

Illumina NGS 장비 #

Illumina의 가장 대표적인 NGS 장비는 HiSeq으로 HiSeq 2000이 시퀀싱 진행시 많이 사용되었다고 볼 수 있으며, 이는 2x100 bp read에서 최대 540~600Gb까지 데이터 생산이 가능하다.
2011년 소형 NGS 장비인 MiSeq을 출시하면서 소형 시장에도 진출했다. 기존의 HiSeq 방법을 그대로 유지하면서 장비의 크기와 가격을 줄인 성공적인 진출이었다. MiSeq은 2x300 bp read에서 최대 5.5Gb의 데이터를 생산할 수 있다.
Illumina(USA)는 2016년에 NovaSeq 6000 장비를 출시했다. 자사 기기 Hiseq X와 비교했을 때 5배 향상되었다. 2일 만에 6TB, 약 60명의 data를 처리한다. 그리고 최근(2018.01)에 iSeq 100이라는 또 다른 장비를 선보였다. 기존 자사 장비들보다 성능은 떨어지지만 작고 편리하며, 가격을 큰 폭으로 낮췄다. 미생물이나 바이러스 같은 작은 생물을 쉽고, 적은 양으로 빠른 결과를 나타낼 수 있다고 설명한다.
또 Ion torrent의 AmpliSeq기술을 Illumina에서 사들여 출시했다.

HiSeq과 NovaSeq의 비교는 아래 이미지를 참고하면 된다.

Image << 출처 : 한국투자증권, 헬스케어 100달러 게놈시대가 열린다면, 2017.1.13. >>

Illumina 장비 비교 #

HiSeq X Ten HiSeq 2500 NextSeq 500 MiSeq iSeq 100
Read Length (bp) 2x150 2x125 n 2x150 2x300 2x150
Run Time 3일 6일 29시간 ~65시간 17.5시간
Total Output 1.8Tb 1 Tb ~100 Gb ~ 5.5Gb 1.2 Gb
Quality Score > 75% > 80% > 75% > 70% > 80%

Benchtop Sequencers #

Image << 출처 : Illumina 홈페이지 >>

iSeq 100 System MiniSeq System MiSeq Series NextSeq Series
Run Time 9~17.5시간 4~24시간 4~55시간 12~30시간
Maximum Output 1.2Gb 7.5Gb 15Gb 120Gb
Maximum Reads Per Run 400만 2천500만 2천500만 4억
Maximum Read Length 2 × 150 bp 2 × 150 bp 2 × 300 bp 2 × 150 bp

Production-Scale Sequencers #

Image << 출처 : Illumina 홈페이지 >>

NextSeq Series HiSeq 4000 System HiSeq X Series NovaSeq 6000 System
Run Time 12~30시간 < 1~3.5일 < 3일 ~13 ~25 시간(dual S1 flow cells) ~16~36 시간(dual S2 flow cells) ~44 시간(dual S4 flow cells)
Maximum Output 120Gb 1500Gb 1800Gb 6000Gb
Maximum Reads Per Run 4억 50억 60억 200억
Maximum Read Length 2 × 150 bp 2 × 150 bp 2 × 150 bp 2 × 150 bp

Reference #

0.0.1_20140628_0