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I TASSER #
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Software

I-TASSER(Iterative Threading ASSEmbly Refinement) #

I-TASSER는 단백질의 구조와 기능을 예측하는 계층적 방법이다. 이 웹서버로 최첨단 알고리즘을 반영하여, 정확한 구조 및 기능 예측을 목표로 개발되었다. 주요한 데이터 구성 원리는 구조적인 주형은 LOMETS(A local meta-threading-server for protein structure prediction - 전체 길이의 원자 모델은 반복적인 주형의 단편들의 assembly 시뮬레이션에 의하여 구성)을 사용한 구조적인 주형선택 후 다중 쓰레딩(threding)을 활용하여 PDB데이터에서 검증된다.



I-TASSER

<그림1. I-TASSER 홈페이지>



I-TASSER는 단백질의 구조 및 기능 을 예측하기 위해 EC number, GO, 리간드 결합 사이트의 3가지 독립적 라이브러리를 활용하여 예측한 3D 모델을 매칭한다. 대략적인 전체 과정은 Threding(LOMETS threading)을 통하여 주형을 선정 후 Structure assembly(Clustering - SPICKER), low free-energy를 기준으로 re-assembly , TM-score(RMSD값 처럼 두개의 단백질 모델의 구조적 유사성을 측정하는 수치)를 활용한 TM-align으로 진행한다.(그림2)

I-TASSER 세부정보

<그림2. I-TASSER의 단백질 구조 및 기능 예측 원리>



I-TASSER(일명 "Zhang-Server")는 CASP7, CASP8, CASP10, CASP11 실험의 정보를 활용한 단백질 구조 예측에 관한 1순위 서버이다. CASP9 실험정보의 기능 예측은 최고의 순위를 보여준다. (그림3)

I-TASSER 세부정보

<그림3. I-TASSER의 Z-score of GDT-TS scores 비교>

출처 #

http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/

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