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IUPAC #
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Category
Biology

개요 #

IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry): 국제 순수 및 응용화학연맹

IUPAC은 국제 순수 응용화학 연합으로 유기화합물의 명명법을 정하여 가장 널리 사용되고 있다. 이 중 nucleotide code도 정하여 사용되고 있다. Sequencing data를 이용하여 assembly를 진행 시 ambiguity nucleotides일 경우 IUPAC name을 이용하기도 한다.

Nucleotide base codes #

Code Description
A Adenine
C Cytosine
G Guanine
T Thymine
U Uracil
R Purine (A or G)
Y Pyrimidine (C, T, or U)
M C or A
K T, U, or G
W T, U, or A
S C or G
B C, T, U, or G (not A)
D A, T, U, or G (not C)
H A, T, U, or C (not G)
V A, C, or G (not T, not U)
N Any base (A, C, G, T, or U)

Amino acid codes #

1-letter code 3-letters code Description
A Ala Alanine
R Arg Arginine
N Asn Asparagine
D Asp Aspartic acid
C Cys Cysteine
Q Gln Glutamine
E Glu Glutamic acid
G Gly Glycine
H His Histidine
I Ile Isoleucine
L Leu Leucine
K Lys Lysine
M Met Methionine
F Phe Phenylalanine
P Pro Proline
S Ser Serine
T Thr Threonine
W Trp Tryptophan
Y Tyr Tyrosine
V Val Valine
B Asx Aspartic acid or Asparagine
Z Glx Glutamine or Glutamic acid
X Xaa Any amino acid

출처 : http://www.iupac.org/

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