Skip to content

IGV #
Find similar titles

Structured data

Category
Software

IGV (Integrative Genomics Viewer) #

IGV는 통합적인 유전체 데이터셋 등을 보여주는 고성능 시각과 도구이다. 어레이데이터나 NGS데이터 등 다양한 타입의 데이터를 지원한다.

IGV 간단히 살펴보기 #

1. IGV ? #

  • High-performance genomics data vidualization and exploration.
  • 통합적인 유전체 데이터셋을 시각화해주는 그래픽 기반 프로그램
  • 다양한 유전체 관련 정보를 여러가지 트랙을 통하여 보여줌
  • 다양한 포맷의 데이터 로드할 수 있어 편리함 (array-based, NGS, annotation data)
  • Annotation 결과를 그림과 그래프 형태로 제공해주고 Annotation 정보가 추가된 VCF 파일을 생성해줌

2. 설치 #

3. IGV interface #

Image

  • 1) 툴바 - 자주 사용하는 메뉴 모음
  • 2) Track name - 트랙의 이름
  • 3) Red box - 현재 보여지고 있는 영역의 크기와 염색체의 위치를 표시
  • 4) 샘플의 데이터가 디스플레이 되는 창
  • 5) 염기서열, 아미노산 서열, 유전자 영역 및 타켓 영역 표시

4. IGV 메뉴 설명 - 툴바 #

Image

  • 1) Ref genome 종류, 버전 표시
  • 2) 염색체 선택 및 이동
  • 3) 위치 정보 또는 유전자 이름 입력하면 이동해줌
  • 4) Whole genome view (처음) 상태로 원위치해줌
  • 5) 웹 브라우저의 앞으로, 뒤로 버튼이랑 같은 기능
  • 6) 디스플레이 새로 고침
  • 7) 관심 영역 지정해서 볼 수 있음
  • 8) 모든 데이터가 창에 보여지도록 트랙 내의 데이터 높이를 조절해줌
  • 9) 팝업 창 조절 (on or off)
  • 10) 디스플레이 Zoom in and out

Incoming Links #

Related Articles #

Related Bioinformaticses #

0.0.1_20140628_0