IGV (Integrative Genomics Viewer) #

IGV는 통합적인 유전체 데이터셋 등을 보여주는 고성능 시각과 도구이다. 어레이데이터나 NGS데이터 등 다양한 타입의 데이터를 지원한다.

IGV 간단히 살펴보기 #

1. IGV ? #

• High-performance genomics data vidualization and exploration.
• 통합적인 유전체 데이터셋을 시각화해주는 그래픽 기반 프로그램
• 다양한 유전체 관련 정보를 여러가지 트랙을 통하여 보여줌
• 다양한 포맷의 데이터 로드할 수 있어 편리함 (array-based, NGS, annotation data)
• Annotation 결과를 그림과 그래프 형태로 제공해주고 Annotation 정보가 추가된 VCF 파일을 생성해줌

2. 설치 #

• http://www.broadinsitute.org/software/igv/download
• java 설치 요구되어짐

3. IGV interface #

• 1) 툴바 - 자주 사용하는 메뉴 모음
• 2) Track name - 트랙의 이름
• 3) Red box - 현재 보여지고 있는 영역의 크기와 염색체의 위치를 표시
• 4) 샘플의 데이터가 디스플레이 되는 창
• 5) 염기서열, 아미노산 서열, 유전자 영역 및 타켓 영역 표시

4. IGV 메뉴 설명 - 툴바 #

• 1) Ref genome 종류, 버전 표시
• 2) 염색체 선택 및 이동
• 3) 위치 정보 또는 유전자 이름 입력하면 이동해줌
• 4) Whole genome view (처음) 상태로 원위치해줌
• 5) 웹 브라우저의 앞으로, 뒤로 버튼이랑 같은 기능
• 6) 디스플레이 새로 고침
• 7) 관심 영역 지정해서 볼 수 있음
• 8) 모든 데이터가 창에 보여지도록 트랙 내의 데이터 높이를 조절해줌
• 9) 팝업 창 조절 (on or off)
• 10) 디스플레이 Zoom in and out

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