GlimmerHMM #

GlimmerHMM은 무슨 프로그램인가? #

GlimmerHMM은 Generalized Hidden Markov Model(GHMM)을 기반으로 한 Gene finder(유전차 탐색툴)입니다. gene finder는 전체적으로 GHMM의 mathematical framework를 따르지만 추가적으로 splice site model들을 GeneSplicer program으로부터 채택하는 것과 GlimmerM으로부터 결정된 tree를 채택하는 것을 포함하고 있습니다. 현재 GlimmerHMM's GHMM structure는 각 단계의 intron들과 4 가지 형태의 exon들을(initial, internal, final, 그리고 single) 포함하여 접근하고 있습니다.

GlimmerHMM를 통해 Gene(유전자) 예측을 할 때 접근 방법은 무엇인가? #

DNA sequence 내 gene들을 예측할 때 GlimmerHMM를 통해 얻을 수 있는 많은 assumption들이 있으며, 그 중 main assumption들은 아래와 같습니다.

1. 모든 유전자의 coding region은 start codon ATG와 함께 시작합니다(하지만 partial gene들은 예측되어질 수 있습니다.).
2. gene은 마지막 codon에 stop codon들이 아닌 경우가 없습니다.
3. 각 exon은 이전 exon과 함께 일관성 있는 reading frame입니다.

이와 같은 assumption들을 통해 GHMM 알고리즘의 검색 공간을 제한하는 것으로 최적화된 gene model(유전자 모델)를 계산하고 있습니다.

GlimmerHMM의 사용 방법은 ? #

glimmerhmm genome1-file training-dir-for-genome1 options

1. -p [ file name] : 만약 단백질 domain search를 이용할 수 있다면 file name으로부터 읽습니다.
2. -d [ dir name ] : training directory는 dir name에 의해 명시되어집니다.
3. -o [ file name ] : output file name.
4. -n [ n ] : best prediction top n 개를 출력.
5. -g : gff format으로 output.
6. -v : svm splice site prediction을 사용하지 않습니다.
7. -f : partial gene prediction을 만들지 않습니다.
8. -h : program의 option을 보여줍니다.

Reference #

• homepage
• manual

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