GenoTan
Results
#
Find similar titles
- 최초 작성자
- 최근 업데이트
Structured data
- Category
- Software
결과의 해석 #
GenoTan의 output은 예측된 microsatellites 위치에서의 major allele과 minor allele이 어떤 스코어값으로 구성되는지 보여준다. 결과파일을 보면 크게 3가지 타입이 있다. 각각의 경우를 보면 결과파일에서 allele 에 대한 score 값이 주어진 cutoff confidence score 보다 낮을 때, 하나의 allele candidate 가 지워진다. Cutoff confidence score는 Lhigh 0.35, Llow 0.25 로 default 설정되어있다. 여기서 주의할 것은 major allele score 값이 해당 allele 의 ratio가 아닌 해당 genotype이 갖는 socre라는 점이다. 예를 들어 정리하면, marker 에서 나타난 genotype 의 종류별로 score 가 계산되고, minor score 값이 0.25 가 넘을 경우에 해당 marker가 hetero하다 라고 출력한다.
copy number 가 다른 polymorphic ssr motif가 확인된 경우. #
ref1 2658 2689 32 32(0:0) 36(0:0) 0.828 0.452 CACGCACGCACGCACGCACGCACGCACGCACG CACGCACGCACGCACGCACGCACGCACGCACGCACG
homozygous locus 가 확인된 경우. #
ref2 1162 1181 20 20(0:0) 20(0:0) 0.935 0.935 ACACACACACACACACACAC -
homozygous locus는 아닌데, heterozygous 라고 보기에는 확신이 안되는 경우 #
ref3 1027 1053 27 27(0:0) -1(0:0) 0.891 0.000 TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC ?
