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Genetic codes #
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Analysis

Genetic Codes #

생물의 DNA서열에서 단백질로 tranlation이 되는 부위를 예측하는 방법을 생물의 분류에 따라 정의하여 더욱 정확하게 CDS를 예측할 수 있도록 한다. 종에 따라 부위에 따라 코돈이 인식하는 아미노산이 조금씩 바뀌기 때문에 code를 선택하면 이를 고려한다. 각 코드에 따른 아미노산으로의 번역 변화는 아래와 같다.

Genetic Codes의 종류 #

1. The Standard Code #

전반적인 eukaryote를 아우르며 시작코돈을 AUG로 본다.

2. The Vertebrate Mitochondrial Code #

Standard와 다른 부분은 아래와 같다.

Codon Code2 Standard
AGA Ter Arg
AGG Ter Arg
AUA Met Ile
UGA Trp Ter

3. The Yeast Mitochondrial Code #

CGN 코돈의 경우에는 Saccharomyce cerevisiae에는 드물고 Candida glabrata에는 없는 시퀀스다.

Codon Code3 Standard
AUA Met Ile
CUU Thr Leu
CUC Thr Leu
CUA Thr Leu
CUG Thr Leu
UGA Trp Ter
CGA absent Arg
CGC absent Arg

4. The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code #

Codon Code4 Standard
UGA Trp Ter

5. The Invertebrate Mitochondrial Code #

Codon Code5 Standard
AGA Ser Arg
AGG Ser Arg
AUA Met Ile
UGA Trp Ter

6. The Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code #

Codon Code6 Standard
UAA Gln Ter
UAG Gln Ter

9. The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code #

Codon Code9 Standard
AAA Asn Lys
AGA Ser Arg
AGG Ser Arg
UGA Trp Ter

10. The Euplotid Nuclear Code #

Codon Code10 Standard
UGA Cys Ter

11. The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code #

세균, 고세균, 원핵바이러스나 엽록체 단백질 등에 사용하는 코드이다.

12. The Alternative Yeast Nuclear Code #

Codon Code12 Standard
CUG Ser Leu

13. The Ascidian Mitochondrial Code #

Codon Code13 Standard
AGA Gly Arg
AGG Gly Arg
AUA Met Ile
UGA Trp Ter

14. The Alternative Flatworm Mitochondrial Code #

Codon Code14 Standard
AAA Asn Lys
AGA Ser Arg
AGG Ser Arg
UAA Tyr Ter
UGA Trp Ter

16. Chlorophycean Mitochondrial Code #

Codon Code16 Standard
TAG Leu STOP

21. Trematode Mitochondrial Code #

Codon Code21 Standard
TGA Trp STOP
ATA Met Ile
AGA Ser Arg
AGG Ser Arg
AAA Asn Lys

22. Scenedesmus obliquus Mitochondrial Code #

Codon Code22 Standard
TCA STOP Ser
TAG Leu STOP

23. Thraustochytrium Mitochondrial Code #

24. Pterobranchia Mitochondrial Code #

Codon Code22 Standard
AGA Ser Arg
AGG Lys Arg
UGA Trp STOP

25. Candidate Division SR1 and Gracilibacteria Code #

Codon Code22 Standard
UGA Gly STOP

26. Pachysolen tannophilus Nuclear Code #

Codon Code22 Standard
CUG Ala Leu

[출처 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi]

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