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Genetic Codes #
생물의 DNA서열에서 단백질로 tranlation이 되는 부위를 예측하는 방법을 생물의 분류에 따라 정의하여 더욱 정확하게 CDS를 예측할 수 있도록 한다. 종에 따라 부위에 따라 코돈이 인식하는 아미노산이 조금씩 바뀌기 때문에 code를 선택하면 이를 고려한다. 각 코드에 따른 아미노산으로의 번역 변화는 아래와 같다.
Genetic Codes의 종류 #
1. The Standard Code #
전반적인 eukaryote를 아우르며 시작코돈을 AUG로 본다.
2. The Vertebrate Mitochondrial Code #
Standard와 다른 부분은 아래와 같다.
| Codon |
Code2 |
Standard |
| AGA |
Ter |
Arg |
| AGG |
Ter |
Arg |
| AUA |
Met |
Ile |
| UGA |
Trp |
Ter |
3. The Yeast Mitochondrial Code #
CGN 코돈의 경우에는 Saccharomyce cerevisiae에는 드물고 Candida glabrata에는 없는 시퀀스다.
| Codon |
Code3 |
Standard |
| AUA |
Met |
Ile |
| CUU |
Thr |
Leu |
| CUC |
Thr |
Leu |
| CUA |
Thr |
Leu |
| CUG |
Thr |
Leu |
| UGA |
Trp |
Ter |
| CGA |
absent |
Arg |
| CGC |
absent |
Arg |
4. The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code #
| Codon |
Code4 |
Standard |
| UGA |
Trp |
Ter |
5. The Invertebrate Mitochondrial Code #
| Codon |
Code5 |
Standard |
| AGA |
Ser |
Arg |
| AGG |
Ser |
Arg |
| AUA |
Met |
Ile |
| UGA |
Trp |
Ter |
6. The Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code #
| Codon |
Code6 |
Standard |
| UAA |
Gln |
Ter |
| UAG |
Gln |
Ter |
9. The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code #
| Codon |
Code9 |
Standard |
| AAA |
Asn |
Lys |
| AGA |
Ser |
Arg |
| AGG |
Ser |
Arg |
| UGA |
Trp |
Ter |
10. The Euplotid Nuclear Code #
| Codon |
Code10 |
Standard |
| UGA |
Cys |
Ter |
11. The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code #
세균, 고세균, 원핵바이러스나 엽록체 단백질 등에 사용하는 코드이다.
12. The Alternative Yeast Nuclear Code #
| Codon |
Code12 |
Standard |
| CUG |
Ser |
Leu |
13. The Ascidian Mitochondrial Code #
| Codon |
Code13 |
Standard |
| AGA |
Gly |
Arg |
| AGG |
Gly |
Arg |
| AUA |
Met |
Ile |
| UGA |
Trp |
Ter |
14. The Alternative Flatworm Mitochondrial Code #
| Codon |
Code14 |
Standard |
| AAA |
Asn |
Lys |
| AGA |
Ser |
Arg |
| AGG |
Ser |
Arg |
| UAA |
Tyr |
Ter |
| UGA |
Trp |
Ter |
16. Chlorophycean Mitochondrial Code #
| Codon |
Code16 |
Standard |
| TAG |
Leu |
STOP |
21. Trematode Mitochondrial Code #
| Codon |
Code21 |
Standard |
| TGA |
Trp |
STOP |
| ATA |
Met |
Ile |
| AGA |
Ser |
Arg |
| AGG |
Ser |
Arg |
| AAA |
Asn |
Lys |
22. Scenedesmus obliquus Mitochondrial Code #
| Codon |
Code22 |
Standard |
| TCA |
STOP |
Ser |
| TAG |
Leu |
STOP |
23. Thraustochytrium Mitochondrial Code #
24. Pterobranchia Mitochondrial Code #
| Codon |
Code22 |
Standard |
| AGA |
Ser |
Arg |
| AGG |
Lys |
Arg |
| UGA |
Trp |
STOP |
25. Candidate Division SR1 and Gracilibacteria Code #
| Codon |
Code22 |
Standard |
| UGA |
Gly |
STOP |
26. Pachysolen tannophilus Nuclear Code #
| Codon |
Code22 |
Standard |
| CUG |
Ala |
Leu |
[출처 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi]
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