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Gene ontology database #
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Structured data

Category
Database

개요 #

  • 유전자의 온톨로지에 대한 데이터를 담고 있는 집합체이다.
  • 이러한 유전자의 온톨로지는 Gene ontology consortium(GOC)을 통해 제공 되고 있으며 이러한 데이터는 관심 있는 유전자의 기능분석 및 질병 연관성의 해석에 많은 기여를 하고 있다.
  • Gene ontolgy(GO)는 1998년 초파리, 효모, 쥐 2종의 모델 동물을 통해 만들어 졌으며 GOC는 여러 데이터베이스의 정보를 토대로 만들어져 있다.

Data download #

  • 이러한 GO 데이터는 GOC를 통해 다운 받을 수 있으며 여러가지 포멧으로 제공이 되고 있다.
    • go-basic.obo
      • This is the basic version of the GO filtered such that the graph is guaranteed to be acyclic, and annotations can be propagated up the graph. The relations included are is_a, part_of, regulates, negatively_regulates and positively_regulates. This version excludes relationships that cross the 3 main GO hierarchies. This is the version that should be used with most GO-based annotation tools.
    • go.obo and go.owl
    • These files contain the core GO ontology in two formats, OBO and OWL-RDF/XML. This view includes relationships not in the filtered version of GO including has_part and occurs_in. The set of relationships used is likely to extend over time. Many of these relationships may not be safe for propagating annotations across, so this version should not be used with legacy GO tools. This version currently excludes relationships to external ontologies.
    • go-plus.owl
    • This version of GO includes cross ontology relationships (axioms) and imports additional required ontologies. This version is only available in OWL. Currently the only external ontology dependency is to CHEBI, but this will change in the future.
  • 이외에도 SQLXML 포멧도 지원하고 있으며 이를 통해 원하는 데이터를 쉽게 얻을 수 있다.

데이터베이스 접근성 #

  • 이러한 GO 데이터의 손쉬운 활용을 위해 여러가지 방법을 통해 데이터를 이용할 수 있으며 AmiGO browser를 통해 웹 기반의 정보 획득이 가능하다.
  • 또한 GO database mirrors server를 통해 터미널 환경에서 직접 자료를 얻을 수 있으며 ebi에서 서버를 제공한다.
    • command
      • mysql -hmysql.ebi.ac.uk -ugo_select -pamigo -P4085 go_latest
      • example
        • select gene_product.id, gene_product.symbol, gene_product.species_id, gene_product.full_name, species.ncbi_taxa_id, species.common_name, species.species, term.acc, term.name, term.term_type from gene_product inner join dbxref on (gene_product.dbxref_id = dbxref.id) inner join species on (gene_product.species_id = species.id) inner join association on (association.gene_product_id = gene_product.id) inner join term on (term.id = association.term_id) where gene_product.symbol = "Os03g0225900" and species.ncbi_taxa_id = "39947";

참고 #

0.0.1_20140628_0