GView
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GView #
GView 란 #
GView는 Genome을 표시하고 탐색하는 데 사용되는 Java 패키지다. GView는 원형 또는 선형 레이아웃을 사용하며 사용자는 줌 인터페이스로 Genome과 상호작용을 할 수 있고 png, jpg, SVG 형식으로 정적 이미지를 저장할 수 있다. GView는 CGView를 다시 작성한 것으로 CGView에서 사용하는 xml형식으로 GView에 입력이 가능하고 이 XML 안에는 CSS 요소까지 포함되어 있다. Genome을 쉽게 구성할 수 있는 스타일 편집기가 있는데 Genome map을 사용자가 좀 더 직관적으로 정의하기 위한 인터페이스를 제공한다. 스타일 편집기는 GView의 스타일을 실시간으로 조정할 수 있고 이 GSS파일은 다른 파일에도 적용할 수 있도록 저장할 수 있다.
- Genome을 표시하고 탐색하는 Java 패키지
- 원형 또는 선형 Genome 백본 레이아웃
- 줌 인터페이스 사용하여 상호작용
- png, jpg, svg 형식으로 정적 이미지 저장 가능.
- CGView XML 또는 탭으로 구분된 형식과 호환 가능.
- Genome을 쉽게 구성할 수 있는 스타일 편집기.
그림1 GView
출처 : https://www.gview.ca/pub/GView/WebHome/gview_general_1.png
GView 사용 #
GView를 사용하는 방법에는 응용프로그램을 사용하거나 Java API를 사용하여 GView에 엑세스 하는 두 가지 방법이 있다. 응용프로그램을 사용할 경우 실행형 응용프로그램과 Java Web Start를 사용하여 배포할 수 있다. Java API를 사용하여 GView 맵을 렌더링하기 위해서는 다음의 정보가 필요하다.
- 맵을 렌더링하는 데 사용되는 스타일
- 렌더링 될 데이터
- 지도 렌더링에 사용할 레이아웃
1. 스타일 #
GView 스타일 정보는 MapStyle 객체를 통해 저장된다. MapStyle은 GlobalStyle, DataStyle에 대한 접근을 제공한다. GlobalStyle은 GView 맵에 전역 효과가 있는 모든 스타일 정보를 정의한다. 여기에는 배경색, 지도의 초기 크기 눈금자를 표시하는 방법 등이 포함된다. DataStyle은 게놈 데이터와 관련된 스타일 정보를 정의하는 데 사용된다. 게놈 데이터를 스타일링 하는 주요 방법은 슬롯을 사용하는 것이다. 슬롯은 기능을 표시할 수 있는 백본의 단일 트랙으로 원을 구성하는 요소들이다. 다음은 MapStyle 설정 예제이다.
MapStyle mapStyle = 새로운 MapStyle ();
// 새로 생성된 MapStyle 객체에서 연결된 GlobalStyle을 추출한다.
GlobalStyle global = mapStyle.getGlobalStyle ();
global.setDefaultWidth (1200);
global.setDefaultHeight (900);
global.setBackgroundPaint (Color.WHITE);
2. 데이터 #
GView는 BioJava Sequence 개체를 사용하여 게놈 데이터에 대한 정보를 저장하고 검색한다. GenomeData는 코드를 사용하거나 파일을 읽어서 만들 수 있다. 코드로 GenomeData를 만들 때는 BioJava Sequence 객체를 구축해야 한다. 코드를 사용하는 방법은 다음과 같다.
Sequence sequence;
GenomeData data = GenomeDataFactory.createGenomeData(sequence);
파일에서 직접 읽을 수도 있는데 GViewFileReader는 파일을 읽고 추출된 정보(GenomeData 및 MapStyle)가 있는 GViewFileData 객체를 반환한다. genbank파일에서 GenomeDatainstance를 추출하는 예제는 다음과 같다.
try {
GViewFileData fileData = GViewFileReader.read("example_data.gbk");
return fileData.getGenomeData();
} catch (IOException e){
e.printStackTrace();
} catch (GViewDataParseException e){
e.printStackTrace();
}
3. 레이아웃 #
GView이 레이아웃은 circular 또는 linear로 LayoutFactory 객체에 의해 정의된다. 다음은 레이아웃 설정 예제이다.
LayoutFactory layoutFactory;
layoutFactory = new LayoutFactoryLinear();
// or
layoutFactory = new LayoutFactoryCircular();
4. 기타 #
GView는 GViewMap을 사용하여 만들 수 있는데 GenomeData, MapStyle, LayoutFactory를 생성해야 하며 이 객체에 저장된 정보로 GVIew가 생성된다.
GenomeData data = buildData ();
MapStyle style = buildStyle ();
LayoutFactory layoutFactory = new LayoutFactoryLinear ();
GViewMap gViewMap = GViewMapFactory.createMap (data, style, layoutFactory);
GView를 이미지 형식으로 내보내는 기능은 ImageWriter로 수행할 수 있다.
GViewMap gviewMap = buildGViewMap ();
ImageWriter writerPNG = ImageWriterFactory.createImageWriter ( "png");
ImageWriter writerSVG = ImageWriterFactory.createImageWriter ( "svg");
try
{
writerPNG.writeToImage (gViewMap, "example1.png");
writerSVG.writeToImage (gViewMap, "example1.svg");
}
catch (IOException e)
{
e.printStackTrace ();
}
GView 실행 #
GView는 jar 파일이나 cmd 명령 줄에서 직접 실행이 가능한데 먼저 java가 설치되어 있어야 한다. GView맵을 만드려면 시퀀스 데이터파일인 gbk, gff, fasta 형식이 필요하고 GSS나 gff파일을 선택적으로 제공할 수 있다.
그림2 Jar파일 실행
Cmd로 실행했을 시에 사용하는 옵션은 다음과 같다.
> gview.jar -I [파일 이름] -s [.gss파일] -g [.gff 파일] -v -l [circular]
- –I : 실행시킬 파일 데이터 경로
- -s : 스타일시트 파일 경로
- -g : 참조하는 gff파일 경로
- –v : 대화식 뷰어 사용 여부
- –l : 원형 또는 선형 선택
GView server #
GView 소프트웨어 패키지 외에 비교 게놈 분석 작업을 위해 웹 서버 GView Server가 개발되었다. GView 서버는 시퀀스 정보를 분석하고 결과를 직관적으로 시각화할 수 있고 단일 참조 게놈 (GenBank, EMBL)을 업로드하고 모양을 사용자 정의하거나 여러 게놈을 업로드하여 비교 분석을 수행할 수 있다.
대부분의 분석은 동일한 절차를 따른다.
- 연구원은 먼저 수행 할 분석 유형을 선택하고 참조 게놈 파일을 업로드한다. 참조 게놈 파일은 나머지 분석의 시작점으로 사용된다. 한 가지 예외는 pangenome 분석인데, 여기서 참조는 업로드된 게놈 세트로 구성된다.
그림3 GView server - 1
출처 : https://server.gview.ca/images/info/screenshot-reference.png - 다음 단계에서는 연구원이 참조와 비교할 하나 이상의 추가 시퀀스를 업로드하도록 프롬프트 한다. 각 분석을 사용자 정의하기 위한 추가 옵션이 제공된다.
그림4 GView server - 2
출처 : https://server.gview.ca/images/info/screenshot-query-files.png - 다음 단계에서는 연구원에게 BLAST 매개 변수를 사용자 정의 할 수 있는 기능을 제공한다.
그림5 GView server - 3
출처 : https://server.gview.ca/images/info/screenshot-blast-params.png - 다음 단계에서는 연구원에게 분석 결과 표시 방법을 사용자 지정할 수 있는 기능을 제공한다.
그림6 GView server - 4
출처 : https://server.gview.ca/images/info/screenshot-appearance.png - 그런 다음 분석 작업이 GView 서버에 제출되고 연구원에게 제출 상태를 확인하는 데 사용할 수 있는 고유한 작업 ID 및 URL이 제공된다.
그림7 GView server - 5
출처 : https://server.gview.ca/images/info/screenshot-complete.png - 완료되면, 연구원에게 게놈지도 형태로 결과가 제시됩니다. 정적 원형 및 선형 이미지가 제공되거나 GView에서 결과를 시작할 수 있고 BLAST 분석 결과 표도 제공된다.
그림8 GView server - 6
출처 : https://server.gview.ca/images/info/screenshot-results.png
GView 팁 #
Firefox는 파일을 다운로드 받을 때 실행 파일을 설정할 수 있는데
그림9 Firefox에서 JNLP 파일 다운로드 받을 때 화면 - 60.x ERS
출처 : https://user-images.githubusercontent.com/37629484/65944070-3548ba80-e431-11e9-9c68-4162c4978bce.png
버전에 따라 실행 파일을 설정하는 부분이 없고 파일 다운로드만 제공하는 때도 있다.
그림10 Firefox에서 JNLP 파일 다운로드 받을 때 화면 - 68.x ERS
이런 경우 JNLP파일로 다운로드 되지 않고 JSP 파일로 다운로드 되어 gview를 실행할 수 없다.
해결 방법으로는 수동으로 실행 파일을 설정해 주어야 하는데 설정->일반->응용 프로그램->JNLP File 콘텐츠 유형의 실행 프로그램을 Java(TM) Web Start Launcher 사용으로 변경하게 되면 JNLP 파일을 다운로드 받을 때 Java로 파일을 실행한다.
그림11 Firefox 환경설정
그러면 다운로드 시 JNLP파일이 정상적으로 실행된다.
그림12 환경 설정 후 Firefox에서 JNLP 파일 다운로드 받을 때 화면
