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GBS read mapping BWA #
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GBS reads를 reference genome에 맵핑할 때 BWA 프로그램을 사용하면 Stacks 뿐만 아니라 GATK 프로그램에서도 사용할 수 있는 장점이 있고 다른 mapper에 비해 정확한 편이라 많이 사용되고 있다.

  1. Reference indexing

    bwa index -p genome -a bwtsw

  2. Reads mapping

    bwa aln -n 5 -k 3 -t 10 -f [sample.aligned] [genome] [input.fq] bwa samse -r "@RG\tID:"$name"\tSM:"$name"\tPL:Illumina" [genome] [sample.aligned] [input.fq] > [sample.aligned.sam]

  3. Mapped reads filtering

    • Cigar string이 90M 이상이고, MAPQ가 25 이상인 경우만 good quality로 간주하여 이후 분석에 사용할 경우 error rate를 줄일 수 있다.

    • 참고 : SAM format

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