GBS read mapping
BWA
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GBS reads를 reference genome에 맵핑할 때 BWA 프로그램을 사용하면 Stacks 뿐만 아니라 GATK 프로그램에서도 사용할 수 있는 장점이 있고 다른 mapper에 비해 정확한 편이라 많이 사용되고 있다.
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Reference indexing
bwa index -p genome -a bwtsw
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Reads mapping
bwa aln -n 5 -k 3 -t 10 -f [sample.aligned] [genome] [input.fq] bwa samse -r "@RG\tID:"$name"\tSM:"$name"\tPL:Illumina" [genome] [sample.aligned] [input.fq] > [sample.aligned.sam]
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Mapped reads filtering
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Cigar string이 90M 이상이고, MAPQ가 25 이상인 경우만 good quality로 간주하여 이후 분석에 사용할 경우 error rate를 줄일 수 있다.
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참고 : SAM format
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