GBS reads를 reference genome에 맵핑할 때 BWA 프로그램을 사용하면 Stacks 뿐만 아니라 GATK 프로그램에서도 사용할 수 있는 장점이 있고 다른 mapper에 비해 정확한 편이라 많이 사용되고 있다.

1. Reference indexing

   bwa index -p genome -a bwtsw

2. Reads mapping

   bwa aln -n 5 -k 3 -t 10 -f [sample.aligned] [genome] [input.fq] bwa samse -r "@RG\tID:"$name"\tSM:"$name"\tPL:Illumina" [genome] [sample.aligned] [input.fq] > [sample.aligned.sam]

3. Mapped reads filtering

   • Cigar string이 90M 이상이고, MAPQ가 25 이상인 경우만 good quality로 간주하여 이후 분석에 사용할 경우 error rate를 줄일 수 있다.

   • 참고 : SAM format

   Incoming Links #

   Related Bioinformaticses (Bioinformatics 0) #

   • GBS read mapping

   Suggested Pages #

   • 0.025 GWAS
   • 0.025 STAR
   • 0.025 RNA-seq
   • 0.025 GBS
   • 0.025 Bowtie
   • 0.025 Reference genome
   • 0.025 GSANP
   • 0.025 BWA
   • 0.025 Bowtie2
   • 0.025 SAMtools
   • More suggestions...