FigTree #
개념 #
<그림1>
FigTree는(그림1) Phylogeny 분석에 있어 tree viewer 및 graphic processing tool 이다. phylogeny 분석에 있어 대표적인 프로그램으로 PHYLIP, IQTree, RAxML, PAML, BEAST 등 다양한 phylogenetic tree construction tool에 의해 생성된 tree파일을 입력받아 tree를 그려준다. 2006년 11월 처음 선보인 이래로 현재까지 꾸준한 업데이트가 이루어지고 있다. 개발자는 BEAST분석 결과물에 대한 가공을 목적으로 재작하였다고 밝혔다.
특징 #
"Publication-ready figure" 즉, Phylogenetic tree의 커스터마이징에 최적화되어 있다. Color, font 등 annotation을 지원하기 때문에 사용자의 목적에 따른 결과물을 만들 기 쉽다. 다양한 OS를 지원한다. GUI환경으로 사용자가 직관적으로 사용할 수 있다는 점이 큰 장점이다.
사용법 #
간단하게 세 단계로 볼 수 있다.
- 트리파일 입력
- 커스터마이징
- 출력(이미지 또는 트리파일)
트리파일 입력 #
Figtree는 .tree 혹은 .tre 확장자를 갖는 파일을 자동으로 인식한다. 입력방식은
- 프로그램의 툴바에서 'File' -> 'Open' -> 트리파일선택
- .tree, .tre 파일 더블클릭
으로 간단하게 불러올 수 있다.
커스터마이징 #
크게 세 단계로 분류할 수 있다.
- 트리구조
- 레이블링
- 주석처리
먼저 트리구조는 rooted와 unrooted 트리로표현할 수 있다. 기본 구조로는 rectangular구조이다.(그림2)
<그림2: 출처 - http://phylobotanist.blogspot.kr>
(작은 단점이라면 root부터 tip까지 모든 길이가 같은 ultrametric으로의 구조변경은 지원하지 않지 때문에 사전에 newick 포맷으로 변경한 후 불러와야한다.) 두번째는 Polar tree(그림3 왼쪽), 마지막으로 unroot 구조인 Radial tree(그림3 오른쪽)이다.
<그림3: 출처 - Mol Phylogenet Evol. 2017 Apr;109:80-92>
사전에 outgroup을 지정하지 않은 경우 상단의 툴박스에있는 'Reroot'를 통해 진행할 수 있다. 또 같은 layer하에서 상하 위치를 변경하는 'Rotate'기능이 있다. 유사 tip을 묶어 topology를 강조하기 위해 'Cartoon', 'Collapse'기능이 있다. tip의 수가 많은 경우 검색기능인 'Find' 기능이 있다.(그림4)
<그림4 - FigTree>
두 번째는 레이블링이다. 상단과 좌측의 툴박스를 이용할 수 있다. 트리의 구성성분인 Tip, Branch, Node에 대해 지정한 attribute(eg. Tip: Group, Topology etc., Branch: distance, divergence time etc., Node: bootstrap score etc)에 따라 조정이 가능하다.(그림 5)
<그림5 - FigTree>
기본적으로 색, 글자의 폰트, 크기를 변경할 수 있다. 그 외에도 scale 조정, attribute에 대한 레전드로 조정할 수 있다.
참고 #
Suggested Pages #
- 0.645 Maximum likelihood
- 0.201 Neighbor joining
- 0.155 PHY
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