Epigenetics Databases #

최근 후성유전체와 질병의 연관성에 대한 연구가 많이 이루어지고, 후성유전체 정보를 활용하여 다양한 질병 메카니즘들이 밝혀지고 있습니다. 대표적으로 암의 경우 이에대한 데이터가 생산 제공되고 있으며, 이외에도 정신착란, 조울증 등 정신질화 및 태아기 산모의 영양상태 또는 임신성 당뇨의 유무 등 환경에 의한 후성유전학적 변화에 대한 연구가 많이 보고되고 있습니다. 이러한 연구는 주로 후성유전학적 기작 연구에 초점을 두고 있으며, DNA methylation, Histon modification, non-coding RNA 분석 등으로 다양한 후성유전학적 정보가 생산되고 있습니다. 다양한 후성유전적 데이터들의 체계적인 정보 구축을 위해 다양한 후성유전 DB들이 구축되어 있습니다. 또한 데이터 타입에 따라 Chromatin 데이터 그룹, DNA methylation 데이터 그룹, Non-coding RNA 데이터 그룹으로 DB를 분류할 수 있습니다. 다음은 대표적인 후성유전체관련 데이터베이스들입니다.

HIstome #

Histone Infobase (HIstome)는 histone modification 사이트, 변이 그리고 관련 효소를 포함한 411개의 휴먼 히스톤이 검색 가능하도록 구축되어 있으며, 매뉴얼로 큐레이션이 가능하도록 설계된 관계형 데이터베이스입니다. 웹기반의 자료들은 쉽게 접근 가능하도록 하였으며, 55개의 히스톤, 106개의 PTM 사이트, 그리고, 152개의 변형 효소에 대한 데이터를 제공하고 있습니다. 예를 들면, 각 항목들은 논리적으로 그룹화 되어 분류되어 있고, 외부 링크와도 연계되어 있습니다. 사이트는 무료로 이용가능하며, 웹 주소는 http://www.actrec.gov.in/histome/index.php 입니다.

MethlomeDB #

DNA 메틸레이션 프로파일은 인간게놈 및 마우스 뇌 DNA 메틸화 프로파일을 제공하는 새로운 메틸옴 DB입니다. 단일 CpG 해상도에서 두뇌 CpG의 80% 이상을 차지하며,웹 주소는 http://www.neuroepigenomics.org/methylomedb/ 입니다. 상세 화면과 분석되는 검색된 내용에 대한 화면은 아래와 같으며, 유전자, SNP영역에 대한 메틸화 프로파일 및 게놈 기능별 메틸화 프로파일을 검색할 수 있습니다.

DiseaseMeth #

인간 질병의 비정상적인 메틸옴(methylomes)에 초점을 맞춘 웹 기반 리소스이며, 인간 유전체 내에 메틸화 정보 데이터 세트 및 도구를 선별하여 제공하고 있습니다. 17000여개의 샘플로 38만7천여건의 프로파일이 형성되어 있고, 메틸화 관련 유전자 429,000개 정보를 제공하고 있습니다. 웹 주소는 http://www.bio-bigdata.com/diseasemeth/ 입니다.

TarBase8.0 #

miRNA 및 유전자 관련 상호작용에 대한 자세한 정보를 제공하고 있습니다. 516건의 세포타입과 85개의 조직 정보에 대해 miRNA-유전자간의 상호작용 665,843건의 정보를 제공합니다. 웹 주소는 http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=tarbase/index

NONCODE #

tRNA, rRNA를 제외한 non-coding RNA(lngRNA) 전용의 통합 지식 데이터 베이스로 17종의 생물종의 lncRNA 전사체 548,640건과 유전자 354,855개의 정보를 제공하고 있습니다. 웹 주소는 http://www.noncode.org/analysis.php 입니다. 검색하고자 하는 종과 유전자, 전사체에 대한 NONCODE ID로 Expression, sequence, location, orthologs, function, disease, RNA structure 정보까지 웹에서 확인이 가능합니다.

miRNEST #

동물, 식물 및 바이러스의 miRNA에 대한 정보를 통합하고 쉽게 사용할 수 있도록 구축되어 통일된 형식으로 모든 위치를 한곳에 모아 놓은 통합 데이터 베이스입니다. 522종의 동식품 종과 바이러스 22종의 miRNA 정보를 제공하고 있습니다. 웹 주소는 http://rhesus.amu.edu.pl/mirnest/copy/ 입니다.

참고 사이트 및 참고자료 #

• epigenie.com
• Yurong Xin et al. MethylomeDB: a database of DNA methylation profiles of the brain Nucleic Acids Res. 2012 Jan; 40(Database issue): D1245–D1249.
• Yi Zhao et al., NONCODE 2016: an informative and valuable data source of long non-coding RNAs, Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4; 44(Database issue): D203–D208
• Khare SP et al.. HIstome--a relational knowledgebase of human histone proteins and histone modifying enzymes.Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D337-42