EVidenceModeler
#
Find similar titles
-
최초 작성자
yhshin@insilicogen.com
-
최근 업데이트
jkpark@insilicogen.com
Structured data
- Category
- Software
Table of Contents
EVidenceModeler #
유전체 구조 분석을 위해 여러 형태의 유전자 모델을 형성하고 이들 모두를 반영한 consensus gene model을 만드는 데 사용하는 software
Usage #
-
각 유전자 모델별 gff3 format의 input 파일 형성
- ab initio gene model (ABINITIO_PREDICTION)
- mRNA based gene model (TRANSCRIPT)
- protein based gene model (PROTEIN)
-
genome sequence (.fasta)
-
weight file : 각 유전자 모델별 weight 정보를 주어 가중치를 부여
ABINITIO_PREDICTION augustus 1 ABINITIO_PREDICTION twinscan 1 ABINITIO_PREDICTION glimmerHMM 1 PROTEIN spliced_protein_alignments 1 PROTEIN genewise_protein_alignments 5 TRANSCRIPT spliced_transcript_alignments 1 TRANSCRIPT PASA_transcript_assemblies 10
-
RUNNING
$EVM_HOME/EvmUtils/write_EVM_commands.pl --genome genome.fasta --weights `pwd`/weights.txt --gene_predictions gene_predictions.gff3 --protein_alignments protein_alignments.gff3 --transcript_alignments transcript_alignments.gff3 --output_file_name evm.out --partitions partitions_list.out > commands.list
Reference #
- http://evidencemodeler.github.io/
- PASA : Hiqh quality transcripts based model 생성을 위해 EVM에서 추천하는 software