EVidenceModeler #

유전체 구조 분석을 위해 여러 형태의 유전자 모델을 형성하고 이들 모두를 반영한 consensus gene model을 만드는 데 사용하는 software

Usage #

1. 각 유전자 모델별 gff3 format의 input 파일 형성

   1. ab initio gene model (ABINITIO_PREDICTION)
   2. mRNA based gene model (TRANSCRIPT)
   3. protein based gene model (PROTEIN)

2. genome sequence (.fasta)

3. weight file : 각 유전자 모델별 weight 정보를 주어 가중치를 부여

   ABINITIO_PREDICTION      augustus       1
   ABINITIO_PREDICTION      twinscan       1
   ABINITIO_PREDICTION      glimmerHMM      1
   PROTEIN         spliced_protein_alignments 1
   PROTEIN         genewise_protein_alignments   5
   TRANSCRIPT      spliced_transcript_alignments      1
   TRANSCRIPT      PASA_transcript_assemblies      10
   

4. RUNNING

   $EVM_HOME/EvmUtils/write_EVM_commands.pl --genome genome.fasta --weights `pwd`/weights.txt --gene_predictions gene_predictions.gff3 --protein_alignments protein_alignments.gff3 --transcript_alignments transcript_alignments.gff3 --output_file_name evm.out  --partitions partitions_list.out >  commands.list
   

Reference #

1. http://evidencemodeler.github.io/
2. PASA : Hiqh quality transcripts based model 생성을 위해 EVM에서 추천하는 software

Incoming Links #

Related Bioinformaticses (Bioinformatics 0) #

• TransDecoder