ESCAPE
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개요 #
ESCAPE는 Embryonic Stem Cells Atlas of Pluripotency Evidence의 약자로 배아줄기세포의 자료를 모아둔 데이터베이스이다. 유전체 수준의 단백질 상호작용, miRNA 네트워크, TF 네트워크, 유전자 발현 데이터, RNAi 스크리닝 결과 등을 raw 데이터 및 가공한 시각화 결과를 제공한다. 본 데이터베이스는 배아줄기세포 기전 이해를 위한 시스템생물학 연구에 유용한 중요한 참고자료로 활용가능하다.
웹사이트 #
http://www.maayanlab.net/ESCAPE/
DB현황 #
- 206,521 interactions from Chip-seq/chip studies
- 153,920 interactions from logof followed by microarrays
- 1,037 protein protein interactions
- 693,552 miRNA target interactions
- 813 Putative pluripotency genes determined by RNAi screens
- 19,801 Undifferentiated and differentiating ESC specific proteins
- 16,881 histone modifications determined by Chip-seq/chip
- 8,323 Undifferentiated and differentiating ESC specific phosphoproteins from phosphoproteomics
- 9 genome-wide mRNA expression profile summaries
- 3,136 miRNA expression entries
- 14,105 time course expression entries from J1 #1
- 17,022 time course expression entries from J1 #2
- 14,105 time course expression entries from R1 #1
- 17,022 time course expression entries from R1 #2
- 14,668 time course expression entries from V6.5 #1
- 17,022 time course expression entries from V6.5 #2
- 14,698 time-course expression entries of shRNAi #1
- 18,265 time-course expression entries of shRNAi #2