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Experiment

EMSA(Electrophoretic Mobility-Shift Assay), 전기영동 이동성-변화분석 #

EMSA는 유전자와 단백질의 결합정도를 확인할 수 있는 실험방법으로, transcription factor의 binding 정도를 확인할 수 있다. 주원리는 DNA probe에 방사선 동윈원소나, digoxigenin, fluorescein등과 같은 비방사선 동위원소를 labeling하여 결합 단백질과 상온에서 반응시켜 전기영동에서 band가 shift되는 정도를 파악하여 단백질과 유전자의 결합을 확인할 수 있다.

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<출처 : https://www.thermofisher.com/kr/ko/home/life-science/protein-biology/protein-biology-learning-center/protein-biology-resource-library/pierce-protein-methods/gel-shift-assays-emsa.html>

EMSA는 또한 동일한 DNA에 여러 개의 단백질이 결합하는지를 알아보는 데도 사용될 수 있다. 왜냐하면 각 단백질들은 서열-특이적 DNA 결합을 하기 때문이다. 추가적인 단백질 결합이 일어나면 DNA 조각의 이동성은 더 감소될 것이다. 이런 방식으로 EMSA를 사용하기 때문에 이는 얼마나 많은 일련의 단백질들이 상호의존적으로 DNA와 상호작용하는지를 알아내는데 매우 강력한 방법일 수 있다. 이 방법을 이용하면 동일한 DNA 탐침에 결합하는 단백질들을 또한 구별할 수 있다.

EMSA의 한가지 약점은 DNA의 어떤 서열에 단백질이 결합하는지를 본질적으로 밝히지는 못한다는 점이다. DNA 탐침과 반응시키기 전, 단백질에 짧은 dsDNA 올리고머를 참가하는 것이 한가지 방법이다. 또 다른 방법은 DNA 탐침에 돌연변이들을 만들어 단백질 결합에 미치는 그 돌연변이들의 영향을 살펴보는 것이다.

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