EMBL-EBI 웹서비스 #

EBI(European Bioinformatics Institute)는 영국의 Hinxton에 위치하고 있으며 EMBL의 산하 기관으로 Bioinformatics에 관한 연구를 수행과 정보를 제공하고 있다. EBI에서는 EMBL DB, SWISS-PROT DB, PDB 등의 생물학 데이터베이스를 제공하고 있는데, 이러한 데이터베이스의 데이터를 검색하고 분석하기 위한 도구들을 웹 서비스로 제공하고 있다.

EBI는 데이터베이스 검색, 분석등 제공하고 있는 다양한 서비스를 아래 그림처럼 사용자로부터 웹화면 형태가 아닌 REST, SOAP의 기술을 이용해서 사용자의 프로그램 내에서 서비스를 활용할 수 있도록 웹서비스를 제공하고 있다.

출처: EMBL-EBI Web Service

EBI에서 제공하는 다양한 웹서비스 관련 내용은 [http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/] 링크를 참고한다.

예제 #

다음은 EBI에서 제공하는 clustalw분석기능 사용예제이다. (REST방식 이용)

자바예제소스 : 파이썬예제소스 : 펄예제소스 :

CLUSTALW 파라메터 정보 조회 #

URL : http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/clustalo/parameters/

결과 : XML형식으로 데이터를 리턴해 준다.

<parameters>
 <id>guidetreeout</id>
 <id>dismatout</id>
 <id>dealign</id>
 <id>mbed</id>
 <id>mbediteration</id>
 <id>iterations</id>
 <id>gtiterations</id>
 <id>hmmiterations</id>
 <id>outfmt</id>
 <id>order</id>
 <id>stype</id>
 <id>sequence</id>
</parameters>

CLUSTALW 파라메터 상세정보 조회 #

URL : http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/clustalo/parameterdetails/

CLUSTALW 분석도구 실행 #

URL : http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/clustalo/run/ , POST메소드 사용

결과예제 :

CLUSTALW 진행상태 조회 #

URL : http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/clustalo/status/

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