EDAM #

어원 #

EDAM의 어원은 EMBRACE 프로젝트(Pettifer et al. , 2010 )에 의해 시작된 'EMBRACE Data And Methods'에서 기원하였다. 일반적인 생물정보학 작업, 주제, 식별자를 포함한 데이터 유형 및 형식의 온톨로지로, 자원의 의미론적 주석에 적용되는 공통 개념(생물정보학 커뮤니티 내에서 공유됨)으로 구성된다.

EDAM 목적 및 지원 내용 #

생물 정보학 관련된 TOOL 및 리소스 정보 검색, 출판에서 사용하는 용어를 통일하고 표준화하기 위하여, 기계가 이해할 수 있는 일관된 설명으로 온톨로지화하여 제공하였다. EDAM은 생물정보학 작업(도구 또는 워크플로우 기능), 데이터 및 식별자 유형, 응용 프로그램 도메인 및 데이터 형식의 온톨로지이다. 웹 서비스, 데이터베이스, 프로그램 라이브러리, 독립 실행형 도구, 대화형 응용 프로그램, 데이터 스키마, 데이터 세트 및 생물정보학 내 출판물(논문 등)과 같은 다양한 엔터티의 의미론적 주석을 지원한다. 또한 적절한 도구와 데이터를 구성하고 찾는 데 적용되며 복잡한 응용 프로그램이나 워크플로우 통합을 자동화하도록 지원한다.

<그림1. EDAM browser 메인화면, 이미지 출처 : https://edamontology.github.io/edam-browser>

온톨로지 구성 #

기본 구성은 네 가지 주요 하위 온톨로지, 즉 Operation, Data (Identifier 포함), Topic 및 Format으로 이루어진다. 좀 더 하위 온톨로지는 계층적 구조로 세분화한다. 데이터 유형에 대해 동일한 방식으로 데이터에 포함되어야 하거나 포함할 수 있는 부분은 구체적인 데이터 모델 또는 형식, 정보 표준, 보고 요구 사항 등에 의해 정의된다. 필수 및 선택적 데이터는 동일한 데이터 유형의 서로 다른 형식 간에 다르다. 데이터 및 작업 부분을 보편적으로 정의하지는 않지만, EDAM은 특정 데이터 형식 또는 데이터 세트의 일부에 주석을 달기 위한 개념과 특정 생물 정보학 알고리즘 또는 작업 흐름의 단계에 주석을 달기 위한 개념을 제공한다.

<그림2. EDAM 온톨로지 구성, 이미지 출처 : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt113>

데이터 다운로드 #

EDAM 데이터는 bioportal-EDAM(https://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM) 사이트에서 OWL 형식으로 다운로드 가능하다.

출처 #

• EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats, Bioinformatics, Volume 29, Issue 10, 15 May 2013, Pages 1325–1332, (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt113)
• EDAM browser 사이트(https://edamontology.github.io/edam-browser)

Incoming Links #

Related Bioinformaticses (Bioinformatics 0) #

• Expasy