EDAM
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EDAM #
어원 #
EDAM의 어원은 EMBRACE 프로젝트(Pettifer et al. , 2010 )에 의해 시작된 'EMBRACE Data And Methods'에서 기원하였다. 일반적인 생물정보학 작업, 주제, 식별자를 포함한 데이터 유형 및 형식의 온톨로지로, 자원의 의미론적 주석에 적용되는 공통 개념(생물정보학 커뮤니티 내에서 공유됨)으로 구성된다.
EDAM 목적 및 지원 내용 #
생물 정보학 관련된 TOOL 및 리소스 정보 검색, 출판에서 사용하는 용어를 통일하고 표준화하기 위하여, 기계가 이해할 수 있는 일관된 설명으로 온톨로지화하여 제공하였다. EDAM은 생물정보학 작업(도구 또는 워크플로우 기능), 데이터 및 식별자 유형, 응용 프로그램 도메인 및 데이터 형식의 온톨로지이다. 웹 서비스, 데이터베이스, 프로그램 라이브러리, 독립 실행형 도구, 대화형 응용 프로그램, 데이터 스키마, 데이터 세트 및 생물정보학 내 출판물(논문 등)과 같은 다양한 엔터티의 의미론적 주석을 지원한다. 또한 적절한 도구와 데이터를 구성하고 찾는 데 적용되며 복잡한 응용 프로그램이나 워크플로우 통합을 자동화하도록 지원한다.
<그림1. EDAM browser 메인화면, 이미지 출처 : https://edamontology.github.io/edam-browser>
온톨로지 구성 #
기본 구성은 네 가지 주요 하위 온톨로지, 즉 Operation, Data (Identifier 포함), Topic 및 Format으로 이루어진다. 좀 더 하위 온톨로지는 계층적 구조로 세분화한다. 데이터 유형에 대해 동일한 방식으로 데이터에 포함되어야 하거나 포함할 수 있는 부분은 구체적인 데이터 모델 또는 형식, 정보 표준, 보고 요구 사항 등에 의해 정의된다. 필수 및 선택적 데이터는 동일한 데이터 유형의 서로 다른 형식 간에 다르다. 데이터 및 작업 부분을 보편적으로 정의하지는 않지만, EDAM은 특정 데이터 형식 또는 데이터 세트의 일부에 주석을 달기 위한 개념과 특정 생물 정보학 알고리즘 또는 작업 흐름의 단계에 주석을 달기 위한 개념을 제공한다.
<그림2. EDAM 온톨로지 구성, 이미지 출처 : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt113>
Sub-ontology | 정의 | terms 예제 | 온톨로지 개념 수(2013년 기준) |
---|---|---|---|
Operation | 입력 집합을 처리하여 출력 집합을 생성하거나 인수(입력)를 값(출력)과 연결하는 함수 | RNA structure prediction, Protein docking, Data retrieval | 558 |
Data | 데이터 입력 또는 출력으로 생성할 수 있는 정보(데이터 레코드로 표현되는 정보) | Sequence,Sequence record, Phylogenetic tree, UniProt accession | 1140 |
Topic | 연구, 응용, 작업, 데이터 또는 기술의 다소 광범위한 영역 또는 관심 분야를 나타내는 범주 | Sequence analysis, Phylogenetics ontology | 209 |
Format | 컴퓨터 파일, 얼룩, 문자열, 메시지 또는 다른 곳에서 데이터를 표현하고 구조화하는 방법(주로 파일 형식) | BAM, GVF, SBML | 347 |
데이터 다운로드 #
EDAM 데이터는 bioportal-EDAM(https://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM) 사이트에서 OWL 형식으로 다운로드 가능하다.
출처 #
- EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats, Bioinformatics, Volume 29, Issue 10, 15 May 2013, Pages 1325–1332, (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt113)
- EDAM browser 사이트(https://edamontology.github.io/edam-browser)