DrugBank #

DrugBank는 drug의 target 정보를 중심으로 하는 방대한 양의 drug 데이터를 보유하고 있는 데이터베이스이다. CHIR(The Canadian Institutes of Health Research)을 비롯한 캐나다의 genome 관련 기관과 펀딩의 지원을 바탕으로 Alberta대학의 연구원들이 운영관리하고 있으며 2006년 첫선을 보인 이래 2016년 현재 4.3버전까지 공개되었다. 버전이 올라가면서 데이터의 양적인 증가뿐만이 아니라 데이터 속성을 나타내는 항목의 수도 늘어나게 되면서 전반적인 질적 향상도 꾸준히 이어오고 있다.

보유하고 있는 데이터 #

미국 식품의약국(Food and Drug Administration, FDA)의 승인을 받은 1,602개의 약을 비롯하여 총 7,759개의 drug에 대한 정보를 보유하고 있다. 초기에는 target정보 위주의 구성이었지만 최근의 버전에서는 pharmacology 정보와 interaction정보들이 추가되어 그 가치가 더욱 높아졌다.

<그림1> Drugbank DB내 pharrmacology 정보

버전 향상에 따라 증가된 데이터의 항목과 양 #

                                       v1.0    v2.0    v3.0    v4.0     
Number of  
 data fields per DrugCard                88     108     148     208 
 search types                             8      12      16      18 
 illustrated drug-action pathways         0       0     168     232 
 drugs with metabolizing enzyme data      0       0     762    1037 
 drug metabolites with structuresa        0       0       0    1239 
 drug-metabolism reactionsa               0       0       0    1308 
 illustrated drug metabolism pathwaysa    0       0       0      53 
 drugs with drug transporter data         0       0     516     623
 drugs with taxonomic classification      0       0       0    6713
 SNP-associated drug effects              0       0     113     201
 drugs with patent/pricing/manufacturer   0       0    1208    1450
 food–drug interactions                   0     714    1039    1180
 drug–drug interactions                   0   13242   13795   14150
 biochemical target-mediated 
                 drug–drug interactions   0       0       0   35632
 biochemical enzyme-mediated 
                 drug–drug interactions   0       0       0  226463
 biochemical transporter-mediated
                 drug–drug interactions   0       0       0   60644
 biochemical drug–drug interactions(all)  0       0       0  322739
 ADMET parameters(Caco-2, LogS)           0     276     890    6667
 QSAR parameters per drug                 5       6      14      23
 drugs with drug–target binding constant  0       0       0     791
 drugs with NMR spectraa                  0       0       0     306
 drugs with MS spectraa                   0       0       0     384
 drugs with chemical synthesis info       0      38      38    1285
 FDA-approved small molecule drugs      841    1344    1424    1552
 FDA small molecule drugs with 
                   salt-form structures   0       0       0     474
 biotech drugs                          113     123     132     284
 nutraceutical drugs                     61      69      82      87
 withdrawn drugs                          0      57      68      78
 illicit drugs                            0     188     189     190
 experimental drugs                    2894    3116    5210    6009
 investigational drugs
           (phase I, II and III trials)   0       0       0    1219
 experimental and 
             FDA small molecule drugs  3796    4774    6684    7561
 experimental and FDA drugs(all types) 3909    4897    6816    7713
 all drug targets (unique)             2133    3037    4326    4115
 approved-drug enzymes/carriers (unique)  0       0     164     245
 all drug enzymes/carriers (unique)       0       0     169     253
 external database links                 12      18      31      33

출처 (http://www.drugbank.ca/stats)

발전을 위한 지속적인 노력 #

DrugBank는 생물정보 데이터베이스로서는 이례적으로 Twitter와 같은 SNS를 적극적으로 활용하여 이용자들의 문의나 요구에 빠르게 대응하며 발맞추어 나가고 있다. (DrugBank를 운영하는 Wishart Lab의 트위터) 그동안 많은 생물 데이터베이스들이 보여주었던, 그리고 여전히 유지하고 있는 폐쇄적인 운영방식과는 상반되는 모습이기에 이러한 시도가 어떠한 성과로 연결될지 귀추가 주목되는 부분이다.

참고문헌 #

• http://www.drugbank.ca
• http://www.drugbank.ca/stats
• https://twitter.com/WishartLab?ref_src=twsrc%5Etfw

Incoming Links #

Related Bioinformaticses (Bioinformatics 0) #

• PharmGKB