DrugBank
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DrugBank #
DrugBank는 drug의 target 정보를 중심으로 하는 방대한 양의 drug 데이터를 보유하고 있는 데이터베이스이다. CHIR(The Canadian Institutes of Health Research)을 비롯한 캐나다의 genome 관련 기관과 펀딩의 지원을 바탕으로 Alberta대학의 연구원들이 운영관리하고 있으며 2006년 첫선을 보인 이래 2016년 현재 4.3버전까지 공개되었다. 버전이 올라가면서 데이터의 양적인 증가뿐만이 아니라 데이터 속성을 나타내는 항목의 수도 늘어나게 되면서 전반적인 질적 향상도 꾸준히 이어오고 있다.
보유하고 있는 데이터 #
미국 식품의약국(Food and Drug Administration, FDA)의 승인을 받은 1,602개의 약을 비롯하여 총 7,759개의 drug에 대한 정보를 보유하고 있다. 초기에는 target정보 위주의 구성이었지만 최근의 버전에서는 pharmacology 정보와 interaction정보들이 추가되어 그 가치가 더욱 높아졌다.
<그림1> Drugbank DB내 pharrmacology 정보
버전 향상에 따라 증가된 데이터의 항목과 양 #
v1.0 v2.0 v3.0 v4.0
Number of
data fields per DrugCard 88 108 148 208
search types 8 12 16 18
illustrated drug-action pathways 0 0 168 232
drugs with metabolizing enzyme data 0 0 762 1037
drug metabolites with structuresa 0 0 0 1239
drug-metabolism reactionsa 0 0 0 1308
illustrated drug metabolism pathwaysa 0 0 0 53
drugs with drug transporter data 0 0 516 623
drugs with taxonomic classification 0 0 0 6713
SNP-associated drug effects 0 0 113 201
drugs with patent/pricing/manufacturer 0 0 1208 1450
food–drug interactions 0 714 1039 1180
drug–drug interactions 0 13242 13795 14150
biochemical target-mediated
drug–drug interactions 0 0 0 35632
biochemical enzyme-mediated
drug–drug interactions 0 0 0 226463
biochemical transporter-mediated
drug–drug interactions 0 0 0 60644
biochemical drug–drug interactions(all) 0 0 0 322739
ADMET parameters(Caco-2, LogS) 0 276 890 6667
QSAR parameters per drug 5 6 14 23
drugs with drug–target binding constant 0 0 0 791
drugs with NMR spectraa 0 0 0 306
drugs with MS spectraa 0 0 0 384
drugs with chemical synthesis info 0 38 38 1285
FDA-approved small molecule drugs 841 1344 1424 1552
FDA small molecule drugs with
salt-form structures 0 0 0 474
biotech drugs 113 123 132 284
nutraceutical drugs 61 69 82 87
withdrawn drugs 0 57 68 78
illicit drugs 0 188 189 190
experimental drugs 2894 3116 5210 6009
investigational drugs
(phase I, II and III trials) 0 0 0 1219
experimental and
FDA small molecule drugs 3796 4774 6684 7561
experimental and FDA drugs(all types) 3909 4897 6816 7713
all drug targets (unique) 2133 3037 4326 4115
approved-drug enzymes/carriers (unique) 0 0 164 245
all drug enzymes/carriers (unique) 0 0 169 253
external database links 12 18 31 33
출처 (http://www.drugbank.ca/stats)
발전을 위한 지속적인 노력 #
DrugBank는 생물정보 데이터베이스로서는 이례적으로 Twitter와 같은 SNS를 적극적으로 활용하여 이용자들의 문의나 요구에 빠르게 대응하며 발맞추어 나가고 있다. (DrugBank를 운영하는 Wishart Lab의 트위터) 그동안 많은 생물 데이터베이스들이 보여주었던, 그리고 여전히 유지하고 있는 폐쇄적인 운영방식과는 상반되는 모습이기에 이러한 시도가 어떠한 성과로 연결될지 귀추가 주목되는 부분이다.
참고문헌 #
- http://www.drugbank.ca
- http://www.drugbank.ca/stats
- https://twitter.com/WishartLab?ref_src=twsrc%5Etfw