Dot plot
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Dot plots #
개요 #
두 서열간의 유사도(similarity)를 측정하는 가장 간단한 벙법으로써, 서열간의 유사영역(region of similarity)을 도식화하여 아래 그림과 같이 나타낸 것이다.
방법 #
비교할 두 서열을 수평, 수직 축에 각각 배치한 다음 두 서열이 일치하는 부분에 점을 찍는데, 연속적으로 일치하는 영역은 대각선 방향으로 연속적으로 이어져 보이게 된다. 하지만 유전체 단위의 매우 긴 서열들을 비교할 경우 상대적으로 보존된 영역도 달라 아래 그림과 같이 매우 복잡한 도표가 된다는 문제가 있는데, 이 경우 활주창(Sliding window) 기법을 이용하여 해결할 수 있다.
프로그램 #
두 유전체 서열을 비교하여 dot plot을 제공하는 대표적인 프로그램으로 MUMmer 가 가장 널리 사용된다.
참고문헌 #
- 생명정보학, 월드사이언스, 조재창, 2007. 03., 26~27p
