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작성자   : oghzzang@gmail.com 
작성일시 : 2018년 02월 26일 16:42

DEG 를 구하는 것에 대한 질문입니다.

제가 가지고 있는 데이터는 raw RNA-SEQ 를 TCGA pipeline에 따라 매핑하고 quartile normalize 과정을 거친 expression count 데이터입니다.

이름은 rsem.gene.normalized 의 이름으로 TCGA pipeline에서 normalize 거친 데이터와 형식이 동일하다고 보시면 됩니다.

제가 여러방법으로 알아본 결과 normalize 데이터는 DEG를 구하는 가장 많이 알려진 tool인 edgeR이나 DEseq과 같은 프로그램들을 사용할수가 없는 것 같습니다.

그래서 저는 두 그룹에 대해 t-test 를 수행하고, log2(FC)를 구하여 원하는 기준을 충족하는 gene들을 뽑아 낼 예정입니다.

이때 t-test는 R의 package 중에서 multtest 의 mt.maxT함수를 사용했습니다. mt.maxT 함수를 이용하여 t test를 하면 rawp값을 얻을 수 있고, p.adjust를 이용하여 rawp 값을 보정하면 fdr q value를 얻을 수 있습니다.

mt.maxT은 옵션으로 permutation 횟수를 넣을 수 있습니다. 여기서 얻은 rawp값은 adjust는 되지 않았지만 permutation p valued인 것이지요. 이때 rawp 값을 기준으로 DEG를 구해도 무방할까요??

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